就目前而言，一般分为诊疗部门、辅助诊疗部门、护理部门和行政后勤部门。
诊疗部门是医院的主要业务部门，它包括病房和门诊的各临床科室，如内科、外科、妇产科、儿科等，急诊科、预防保健科通常也属于诊疗部门。
辅助诊疗部门包括为临床提供技术支持的专业科室，包括药剂科、放射科、临床检验科、病理科、物理诊断科、手术室、理疗体疗科、消毒器材供应室、营养科（我国多数医院划归后勤部门管理）、功能检查及内窥镜室等。辅助诊疗部门以专门的技术和设备辅助临床诊疗工作的进行，是现代医院的重要组成部门。
护理部门是独立完成专业工作内容的系统，虽然护理专业人员分布在诊疗和辅助诊疗部门的各岗位，但它通过各专科护士长和护理部两级管理体系，完成其专业工作任务。
行政后勤部门是对医院的人、财、物进行管理的职能部门，它既包括对医疗、护理工作进行管理的业务管理机构，如医务科、护理部、门诊部等，还包括对医院整体进行管理的其他职能部门，如院长办公室、人事科、财务科、科教科、总务科、保卫科、设备科、供应科、膳食科等。归属各行政管理职能部门管辖的辅助性科室，如病案室、统计室、图书室、住院处、计算机中心等亦应归入行政后勤管理部门。此外，作为我国医院特有的党群组织机构，通常也归入行政后勤部门。
国外有学者将现代医院组织分成十个部门，即：诊疗部门、护理部门、中心检查部门、药剂部门、营养部门、病史资料部门、事务部门（人事、财务、供应、文书等）、社会医疗服务部门、设备服务部门（水电、供热、通讯等）、环境整备部门（医院内外环境、污物处理、被服供应等）。此种部门划分方法对我们有借鉴意义。
参考资料：http://www.37c.com.cn