眼睛的颜色，虽然有蓝，有黑，有绿，有灰，却不是它的“本色”。我们所说的眼睛颜色，是指眼珠中间部分呈现的颜色，这里覆盖了一层
虹膜，含有很多色素细胞，而色素细胞中
黑色素的含量决定了虹膜颜色的深浅。色素含量越高，虹膜的颜色就越深，眼珠的颜色也就越黑；色素细胞中含色素越少，虹膜的颜色就越浅，眼珠的颜色也就越淡。
本来，眼睛就一种颜色，只是深浅不同而已，但是由于浅色的虹膜会映衬出下面的血管，“调色”出来的效果，令眼珠看上去呈浅蓝色或绿色，白种人就这么占了便宜。
不同的眼睛颜色，并不会影响视觉对色彩的认知。
虹膜的黑色素在强光下保护我们的眼睛。强烈的太阳光照射是人患
白内障的主要原因之一，浅色眼睛对光更为敏感，这方面吃亏不少，因而白种人更容易患白内障。
白化病人是最为严重的先天性色素缺乏者，这种隐性遗传的疾病，令患者体内缺乏酪氨酸酶，酪氨酸不能转化成黑色素，患者不止头发、皮肤因缺少黑色素而呈现极致的白色，眼睛上的虹膜，也因为缺乏黑色素，而令眼珠显现为灰、甚至浅红色（白鼠和家兔的眼睛呈红色，也是因为缺少黑色素，而显出血管的红色而致）。
巴拿马的印弟安人，将白化病人称为“月亮的孩子”——因为他们不能承受强光的照射，幸运地得以免除白天在阳光下的劳作。
有些有趣的研究认为，眼睛的颜色会影响视觉的感知，例如视觉反应敏锐性等参数。有人特意研究眼睛颜色对运动反应时间的影响。这听起来很古怪。也许，虹膜的深浅，影响对光线的敏感度，最终会影响视觉对运动物体的反应。
据Percept Mot Skills杂志1989年和1994年的两篇文献报道，研究者测试了眼睛颜色深浅不同的人种在不同运动中的表现，结果发现，浅色眼睛的人在
保龄球、高尔夫等运动中表现较好，而深色眼睛的人则在拳击、网球等需要快速反应的运动中表现更佳。这也许是我们成为乒乓大国的原因之一。
中国人大部分眼睛其实属於 棕色，不是黑色，真正的黑色眼睛是哥斯达黎加人，所以出国资料上眼睛颜色应该写 棕色 而并非 黑色。