一、学科不同
1、软件工程
软件工程是一门研究用工程化方法构建和维护有效的、实用的和高质量的软件的学科。它涉及程序设计语言、数据库、软件开发工具、系统平台、标准、设计模式等方面。
2、计算机科学与技术
计算机科学，研究计算机及其周围各种现象和规律的科学，亦即研究计算机系统结构、程序系统（即软件）、人工智能以及计算本身的性质和问题的学科。
二、研究领域不同
1、软件工程
软件架构、软件设计方法、软件领域建模、软件工程决策支持、软件工程教育、软件测试技术、基于组件的软件工程、计算机支持的协同工作、编程语言和软件工程、计算机网络、信息与通信安全、计算机图形学与人机交互、多媒体技术应用。
2、计算机科学与技术
计算机是一种进行算术和逻辑运算的机器，而且对于由若干台计算机联成的系统而言还有通信问题,并且处理的对象都是信息,因而也可以说，计算机科学是研究信息处理的科学。
计算机科学分为理论计算机科学和实验计算机科学两个部分。在数学文献中所说的计算机科学，一般是指理论计算机科学。实验计算机科学还包括有关开辟计算机新的应用领域的研究。
三、就业方向不同
1、软件工程
Java方向：JAVA初级程序员、JAVA计算程序员 、 JAVA工程师 、J2EE系统工程师等。
.Net方向： .Net程序员网站开发工程师 .Net工程师等。
其它方向： 简单的管理信息系统开发和维护人员 、网页制作和客户端脚本程序编写人员 、初级数据库管理和维护人员 、数据库开发工程师 、系统分析设计工程 、软件项目配置管理员 、文档编写工程师。
2、计算机科学与技术
毕业生主要面向交通系统各单位、交通信息化与电子政务建设与应用部门、各类计算机专业化公司、广告设计制作公司、汽车营销技术服务等从事IT行业工作。
参考资料来源：百度百科－软件工程
参考资料来源：百度百科－计算机科学
以我在的厦大计算机科学系和软件学院来说，我们系里面还分理论和应用两个方向，软件学院也有分方向，不过只是平台不同，都是软件应用方面的。所以数学课上，我们系理论方向的学生上的是数分、高代，比较难，而我们应用的和软件学院一样上高数、线代。
计算机科学相对就有更数学、更学术的方向，比如去研究数理逻辑啊什么的，软件学院则更偏应用。
还是拿我校为例（不同学院还是不一样的），我校的软件学院要上好几门高级编程语言的课C/C++/JAVA等，而我们当时就上了一个学期的C，再加5周小学期的另外一门，汇编不算高级语言。两边应该都上。
当然，上面说的区别其实，和没有区别差不多的，同一个学校的这两个系或专业或学院的学生，用人单位除非主管是本系的前辈，不然全看实力和人缘。
另外，软件学院可能应该更偏应用，我们学校计算机系很多教授都是图像方向的，应用范围小，所以软件学院和公司的联系比较密切，就我所知就有几家公司和学院签合约了，我大计算机系没听说过。学生可能交的钱多了，所以做起项目来比较认真，项目经验也许就比我大计算机系一堆无所事事的家伙多，所以软件学院去公司实习比我大计算机系要顺利得多，找IT工作也就顺利一点。
当然，上述都是我个人对本校的情况的估计，外校情况不同，也不能保证自己的认识就是对的。
本专业培养具有良好的科学素养，系统地掌握计算机科学与技术基础知识、规范的软件设计与开发能力、良好的组织与交流能力，能在科研部门、教育单位、企业、事业和行政管理部门等单位从事复合型、实用型高层次软件设计、系统分析和工程应用的高级专门技术人才。近几年，我国软件产业不断发展，对软件从业人员的需求也在不断增加中，新增的软件工程专业，对培养这方面的人才起很大的作用。
计算机科学与技术专业
业务培养目标：
业务培养目标：本专业培养具有良好的科学素养，系统地、较好地掌握计算机科学与技术包括计算机硬件、软件与应用的基本理论、基本知识和基本技能与方法，能在科研部门、教育单位、企业、事业、技术和行政管理部门等单位从事计算机教学、科学研究和应用的计算机科学与技术学科的高级专门科学技术人才。
业务培养要求：本专业学生主要学习计算机科学与技术方面的基本理论和基本知识，接受从事研究与应用计算机的基本训练，具有研究和开发计算机系统的基本能力。
毕业生应获得以下几方面的知识和能力：
1．掌握计算机科学与技术的基本理论、基本知识；
2．掌握计算机系统的分析和设计的基本方法；
3．具有研究开发计算机软、硬件的基本能力；
4．了解与计算机有关的法规；
5．了解计算机科学与技术的发展动态；
6．掌握文献检索、资料查询的基本方法，具有获取信息的能力。
无法说出到底哪个好，哪个坏，现在的形式是只要你技术过硬，都可以找到满意的职位，只是个人爱好不同罢了，还在于自己。本回答被提问者采纳
计算机科学与技术和软件工程，学费差距大？其他到底有什么差别？