关于锡安有两种说法，第一种说法锡安是梅曲克斯之外的真实世界仅存的唯一一个人类聚集地，是人类反抗军和机器作战的中心区、指挥部（这么像终结者。。），另一种说法锡安只不过是“梅曲克斯2.0”，也是个虚拟的世界，是用来采集那些不能安分守己的被控人类的思想及生活数据，用来完善梅曲克斯系统，让虚拟世界更加真实，也就是说电影中人类奋战到最后仍旧是在虚拟的世界中做梦。
黑客帝国这个电影很完美，可以说毫无漏洞，官方对剧情中的伏笔和要点至今仍没有解读，也就是说是全自由的，没有标准答案，我个人更倾向第二种说法，因为尼奥在所谓的真实世界中曾经用单手集中精神力挡住过机械乌贼，这一点很明显说明了这个有锡安存在的“真实世界”发生的事并不是符合客观事实的，人再怎么集中精神也不可能凭空在物理上阻挡其他物体，但是在虚拟环境中做到这种事简直易如反掌（参考电脑游戏。。。），所以我认为锡安也是虚拟的，“真实世界”只是另一个梅曲克斯，墨菲斯之类的可能还躺在某个发电厂发电，只不过他们这些人跳出了梅曲克斯的第一层虚拟世界，紧接着又掉入了另一个更加复杂更加严谨的第二层虚拟世界，只有这样，搭载救世主程序的尼奥才能激活特权得以在“真实世界”使用精神力攻击和防御，使用精神力在瞎了眼睛的情况下看到被史密斯占用的贝恩的代码轮廓，这种事在现实世界中怎么可能出现，所以，我还是觉得，锡安，是虚拟的。
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参考资料：自己的回答