做琼脂糖凝胶电泳时发现,核酸染料和DNA向反方向移动:凝胶的前半部分呈荧光黄色,后半部分透明,why?

最近在做琼脂糖凝胶电泳时发现,核酸染料和DNA向反方向移动:凝胶的前半部分呈荧光黄色(见附图),十分影响DNA条带的观察。且随着电泳时间的延长可以看到核酸染料向正极移动距离越大。不知道是gelview变质了(可能性不大,貌似突然之间出现的这种情况,本来用的好好的)还是因为电泳条件如电压、电泳时间等的问题。以前没有遇到过这种情况。十分着急,望大虾指导。

没看见附图,染料和条带当然会向正极移动。检查你的电源是否反插了,还有就是你重配下tae缓冲液。追问

电极没有反插,DNA向正极移动。核算染料本来是应该均匀的分散在胶体中,可是发现核酸染料会随着电泳时间延长逐渐向负极迁移,靠近电源正极的一端比较透明无色,但是靠近负极的一端呈强荧光黄背景。如果电泳时间足够长会发现胶体的gelview染色全部会迁移到负极。附图传不上去,如果可以能否告诉我您的邮箱,我把附图发到您的邮箱里面。

追答

你好,就你发的图片来看,电泳确实有问题。

染料给我的感觉还比较正常,毕竟还是能显带的,但带都很糊,而且点样孔附近的带感觉是跑不动,如果是酶切质粒之类的就不正常了。你用的是8孔的梳子,而且胶比较厚,是不是准备切胶的?是没点marker,还是marker没跑出来?

你可以点个marker看看,如果marker都跑不好,结合你说电泳电流异常,我认为缓冲液有问题的可能性极大,此外,把胶重配下,一般DNA凝胶电泳实验可能犯的小错误包括:用水配胶,用tris-gly当电泳缓冲液,用琼脂粉当琼脂糖来配胶,电源反接。你可以逐个排除,再跑一次试试。

祝大家的实验都顺利!

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第1个回答  2011-07-24
核酸染料是带正电的 会往负极移动

你以前没遇到过 其实是不明显 和配胶手法有关

这个叫阴阳板 很正常
第2个回答  2011-07-24
我遇到过这种问题~~~~~ 染料和核酸条带移动方向相反 不过一般不影响观察 后来我把染料浓度降低了就会好一些~~~~~追问

浓度挺低了,但是还是不行,貌似跟我用的电压也有关系。我用的是北京六一电泳仪,跑的是质粒,能否给点建议,能让结果改善一下

追答

很简单 不要在胶里加染料了~~~~ 染料稀释后直接加到loading buffer里 不过具体浓度你得试试

这是一个办法

第二个办法 跑胶前都不加染料 染料稀释在一个专门的容器里,等到把胶跑完之后 扔进去染色10来分钟,捞出来就行了~~~

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