第十七条 科技部根据项目立项批复和预算批复，与项目推荐部门、项目承担单位签订项目任务合同书和项目预算书。项目任务合同书和项目预算书是项目和预算执行、监督检查和财务验收的重要依据。
第十八条 专项经费的拨付，按照财政资金支付管理的有关规定执行。
第十九条 项目承担单位应当严格按照下达的项目预算执行，一般不予调整，确有必要调整时，应当按照以下程序进行核批：
项目预算总额调整，应当按程序报科技部审核、财政部批准。
项目总预算不变、项目合作单位之间以及增加或者减少项目合作单位的预算调整，应由项目负责人提出调整意见，项目承担单位核定后，按程序报科技部批准。
项目支出预算科目中劳务费、专家咨询费和管理费预算一般不予调整。其他支出科目，在不超过该科目核定预算10%，或超过10%（含10%）但科目调整金额不超过5万元的，由项目承担单位根据研究需要调整执行；其他支出科目预算执行超过核定预算10%（含10%）且金额在5万元（含5万元）以上的，由项目负责人提出调整意见，项目承担单位核定后，按程序报科技部批准。
第二十条 项目承担单位要严格按照本办法的规定，制定内部管理办法，建立健全内部控制制度，加强对专项经费的监督和管理，对专项经费、自筹经费以及外方投入经费分别进行核算。
第二十一条 项目承担单位应当严格按照本办法规定的项目经费开支范围和标准办理支出。严禁使用项目经费支付各种罚款、捐款、赞助、投资等，严禁以任何方式变相谋取私利。
第二十二条 项目承担单位应当按照规定编制专项资金年度财务决算报告。项目研究经费下达之日起至年度终了不满三个月的项目，当年可不编报年度决算，其经费使用情况在下一年度的年度决算报表中编制反映。项目决算报告由项目承担单位财务部门会同项目负责人编制。项目决算报告按程序经审核、汇总后，于次年的4月20日前报送科技部。
第二十三条 在研项目的年度结存经费，结转下一年度按规定继续使用。项目因故终止，项目承担单位财务部门应及时清理账目与资产，编制财务报告及资产清单，按程序经审核、汇总后报送科技部，由科技部组织进行清查处理，剩余经费（含处理已购物资、材料及仪器、设备的变价收入）收回科技部，由科技部按照财政部关于结余资金管理的有关规定执行。
第二十四条 预算执行过程中实行重大事项报告制度。在项目实施期间出现项目计划任务调整、项目负责人变更或调动单位、项目承担单位变更等影响经费预算执行的重大事项，项目负责人、项目承担单位应当及时按程序报科技部。
第二十五条 专项经费形成的固定资产属国有资产，一般由承担单位进行管理和使用，国家可以调配用于相关科学研究与开发。
第二十六条 专项经费形成的，以及外方投入由中方拥有的大型科学仪器设备、科学数据、自然科技资源等，按照国家有关规定开放共享，以减少重复浪费，提高资源利用效率。
