法律分析：1.名称不同：国务院组成部门的名称分别叫“部、委、行、署”，除中国人民银行外，开头都冠“中华人民共和国”。国务院直属机构中，除中华人民共和国海关总署、国务院参事室外，其他机构名称大都是“国家（总）局”，对外交往中可在名称前加“中华人民共和国”或“中国”。2.职能不同：国务院组成部门，依法分别履行国务院基本的行政管理职能。国务院直属机构，主管国务院的某项专门业务，具有独立的行政管理职能。
法律依据：《中华人民共和国宪法》
第九十条 国务院各部部长、各委员会主任负责本部门的工作；召集和主持部务会议或者委员会会议、委务会议，讨论决定本部门工作的重大问题。
各部、各委员会根据法律和国务院的行政法规、决定、命令，在本部门的权限内，发布命令、指示和规章。
第九十一条 国务院设立审计机关，对国务院各部门和地方各级政府的财政收支，对国家的财政金融机构和企业事业组织的财务收支，进行审计监督。
审计机关在国务院总理领导下，依照法律规定独立行使审计监督权，不受其他行政机关、社会团体和个人的干涉。