我觉得这应该源于清朝时期，那时广州十三行是周边的核心，是一个大的经济中心，周边的人们去广州应该都是抱着这样的心态去的，虽然现在人们感觉香港和深圳都是特区，过去广州却是处于一种绝对的领先优势，还有一个原因就是香港人很多是从广东过去的，也就是他们祖先的祖籍都是广州人，所以才会有这样的称呼，而南京对于上海本身没有明显的优势，上海的外地人也相对比较复杂，不全是江苏移民过来的，缺少这种关系，所以没有这种认同感很正常，是对家乡的情怀和认可。
广州十三行时期：我们都知道清朝乾隆时期，广州作为清政府对外的唯一通商口岸，可谓风光无限，与亚洲、欧美主要国家都有直接的贸易关系，有着绝对的优势，周边的人来这里肯定是一种到大城市的感觉，这样的心态是很正常的，就像我们农村人进城是一样的，会留下这样的印记，说白了就是习惯了这样的称呼，广州是广东沿海一带，也就是珠江三角洲的核心地位，在当时是绝对领先的，其实你现在到沙面岛转一圈，也会觉得有很厚重的历史文化气息，那些辉煌都是几百年前的，现在看着也不落伍。
虽然现在香港和深圳已经同广州一样，成为了国际化大都市，但是过去遗留下来的印记没法抹去，或者说作为老广州人的香港人，不愿意忘记自己祖先曾经奋斗过的地方，而心存敬意。
上海和南京的关系：它们之间没有缺少这种直接的优势关系，哪怕是民国政府建立在南京之时，它也没有绝对的优势，当时上海在经济上也丝毫不差，那个万国建筑群放在今天也不差，而老上海人是一个不太认可外地的群体，至今有些老上海人都不愿意离开上海，我有一位“上海本地人”她连去外地旅游都拒绝，在她们的印象中，上海就是核心，是最好的地方，外面还能咋样呢？都是农村。
再有一个原因，老上海人的祖上来源也比较复杂，它的文化和语言方面缺少对南京的认同感，毕竟来源不一样，宁波和浙江对上海的影响比较大，文化方面的差异也是上海不太认可南京的一个原因，用上海人的话说“南京多受战争干扰，死人比较多，不太喜欢去南京”。
一方水土养一方人，每个地方的人都有自己的特点，就像人们开玩笑讲“在广州你不知道谁是富人，在有些地方，你不知道谁是穷人”一样，这可能才是地域文化的魅力，大家对故去的认可感也是一样的，香港人不愿意忘记过去，是他们的一种怀旧情怀，你们觉得对吗？欢迎留言，谢谢！
因为香港人当中，不少祖籍都是来自广东的一些城市，比方说广东沿海的潮汕地区以及佛山东莞一带，所以说这些人认为广州是广东的省会，自然把广州叫做是省城，哪怕他们现在是香港人，但是依然对自己的祖籍具有归属感，而上海人虽然有一部分人来自于江苏，但是大多数上海人都是来自于宁波或者是浙江，因此对江苏的省会南京并没有什么归属感，并且上海人讲的是吴侬软语，比起南京，他们的方言更接近苏州无锡，南京城区讲的是江淮官话，上海人自然就不会认可南京是他们曾经的省城了。
而上海虽然以前是属于江苏的松江府，但毕竟上海现在文化和方言和南京差距太大，上海和江苏的苏州无锡文化更为接近，同属吴越文化，因此上海人对南京的金陵文化没有多大的归属感，自然就不可能认为南京曾经是他们的省会，而且上海人祖籍不仅仅来自于江苏的城市，同样也有很多是来自于宁波或者是舟山绍兴等地，因此他们作为浙江人的祖籍血统，更不可能将江苏南京当做是自己的省城。
广州城对于香港而言，既是省城又是州城。
香港未经历过民国时期的裁府州厅入县一事，因此香港人的观念里，没有府州厅和县、乡并称的习惯，香港就属于广州，因此香港没法称广州市为广州，因此只好称省城。
另外，香港人来源除新安县之外，最多的是南番顺等地，南海番禺本就是广州府城附廓，因此无论是新安还是南番顺，称省城是最合适的字眼。
上海和南京则不一样。上海虽然原属于江苏，但上海是松江府，上海并不是江宁府的一部分，直称江宁没有任何问题，因此也就不会刻意称之为省城。
另一方面，上海、南京均经历过裁府州厅入县一事，上海市和南京市又是同步升至特别市的，上海、南京均有专指上海城区和南京城区的经历。因此上海、南京两个称呼是非常明确的，上海也就没必要改称南京为省城。
而且，原本上海等地多以苏州为省城(江苏布政司驻苏州)。
另外，上海人来源于宁波的居多，也不大习惯称南京为省城。
从东吴开始，南京便成了中国南方的首要都城。虽然历史起起伏伏，但南京这块地却在客观上延续着传承华夏文明的重大使命。南是中原之南，南京紧密联系着中华正宗。这种历史作用不是一个“省城”能承担的。
明建都南京，清代南京则是东南或江南第一郡（引清龚贤语），而南京钟，南京布等等以南京命名的物件蜚声海外。清代松江府生产的外销布匹也叫南京布，这一点令今人难以理解的（复旦有这方面的研究专著）。历史事实就是这样，是时的南京被不被称作省城并不重要，因为南京的身份实际上大于京师以外的任何一座省城。
中英南京条约签署后，上海开埠。起步时的上海，小得如同香港。而此时的南京却绝非广州这个省城可比。
太平天国……（详情略去）。起初是南京人外逃上海，不只是南京，动乱波及的江南各地的人都逃往一个地方，一个安定的港湾--上海。至天平天国覆灭，各种洗劫之后的南京，人口已经不足十万，城中一片荒芜。（这种状况一直持续到民国。）
省港（省就是广州）没有经历过南京上海这种此消彼长动荡历程，而49年以前的上海更远胜香港，上海已经无需像香港一样找一座“省城”去仰望了。
综上，以省城形式，南京基本没有存在感。近代的灾难又几乎将这个城市从地图上抹去。只是历史没忘南京，洪杨之后，两江总督府重立，二十世纪初清政府在城北的荒地上办起新学和国际博览会（南洋劝业会），为城市打气。中国民国更是重新拾回了南京。