此次《规划》在思路、定位、内容等方面发生了不少的变化。规划思路从以重大工程论证为主线转变为以科学发展观为统领，按照'维护河流健康，建设绿色珠江'的总体目标，注重科学治水、依法治水，突出加强薄弱环节建设，大力发展民生水利。
《规划》根据流域实际，制定了2020年、2030年完善流域防洪减灾、水资源综合利用、水资源与水生态环境保护、流域综合管理四大体系的目标和任务。同时，按照最严格水资源管理制度的总体要求，《规划》确定了8项流域控制性指标，包括流域内省（自治区）用水总量、单位工业增加值用水量、灌溉水有效利用系数、限制排污总量意见（COD、NH3-N），以及流域水功能区水质达标率、12个控制断面生态需水量和水质目标。
--防洪减灾：遵循"堤库结合、以泄为主、泄蓄兼施"的防洪方针，逐步完善以堤防为基础、干支流防洪水库为主要调控手段的7大堤库结合防洪工程体系，即西北江中下游、东江中下游、郁江中下游、柳江中下游、南盘江中上游、桂江中上游和北江中上游防洪工程体系。
《规划》提出建设大藤峡、洋溪等控制性枢纽工程，续建龙滩水库，进一步加快江海堤防达标建设；加大中小河流治理、河口整治和山洪灾害防治力度，完成病险水库（水闸）除险加固，建设流域防洪预警系统和山洪灾害易发区预警预报系统。
《规划》还提出加强广州、南宁、梧州、柳州4个全国重点防洪城市的防洪和重点涝区治理。
--水资源综合利用：《规划》提出在强化节水的基础上，建设一批必要的水源工程，提高应急抗旱能力。近期解决2
749万农村人口的饮水安全问题，远期进一步提高农村用水保证率。
上游以大中型水库建设为重点，结合云贵山区特点，建设一批小型水利工程；实施滇中、黔中等跨流域引调水工程，解决与红河、长江流域接壤周边地区缺水问题。中下游构建以西江龙滩及大藤峡、北江飞来峡等水库为骨干的水资源调配体系。实施引郁入钦、西水南调等工程，保障北部湾及粤西缺水地区的用水需求。
到2020年，多年平均用水总量控制在634亿立方米以内，万元GDP用水量降低到110立方米以下，灌溉水有效利用系数提高至0.53。到2030年，多年平均用水总量控制在640亿立方米以内，万元GDP用水量降低到60立方米以下，灌溉水有效利用系数提高至0.58。到2030年，每年东深供水工程向香港供水11亿立方米，珠海供水系统向澳门供水1.46亿立方米。
--水资源与水生态环境保护：加强水功能区水质保护和管理，严格控制入河排污总量。强化南北盘江上游河段、云南高原湖泊以及珠江三角洲地区城市河段的水污染综合治理和污水达标排放，加强源头区及高原湖泊水源涵养。
加强流域水生态环境保护及修复，严格控制生态环境敏感区域的治理开发活动。对地下水超采区实施限采等措施，严格控制开采规模。
到2020年，主要江河湖库水功能区水质达标率提高到80%以上，城镇供水水源地水质全面达标，水土流失治理程度达到40%，基本建成水资源保护和生态环境修复体系；到2030年，主要江河湖库水功能区水质全面达标。
--流域综合管理：逐步完善流域涉水法律法规、执法监督体系。实行最严格水资源管理制度，建立水资源管理责任和考核制度。建立跨部门跨地区协调合作、信息采集与共享、纠纷协调处理、应急管理等机制。进一步完善流域管理与区域管理相结合的体制机制、流域综合管理法制体系和最严格的水资源管理制度。
《规划》针对流域实际，提出了水力发电和航运近期及远期规划，优化调整部分河流（河段）的梯级布局，合理开发流域水力资源。构建西江航运干线、珠江三角洲高等级航道网、右江、北盘江-红水河、柳江-黔江等组成的"一横一网三线"的国家高等级航道。
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