食品中的细菌(包括非致病菌、 条件致病菌和致病菌)，有些是造成食品腐败变质的直接因素。因而常把污染食品的细菌总数、
大肠菌群或大肠杆菌、肠球菌作为评价食品卫生质量的重要指标。
细菌总数，是指该食品上每个活菌细胞在
培养基上生成肉眼可见的菌落。即
菌落总数来表示。这种“细菌总数”实际上仅指活的杂菌，它可以作为食品污染的程度和新鲜度指标，是判断食品卫生质量的一项重要依据。
大肠菌群或大肠杆菌:大肠菌群以大肠杆菌为主，包括产气肠细菌和一些中间类型的细菌。大肠菌群来自人和温血动物的肠道，一般无病原性。据估计，成人每日从粪便中排出的大肠菌群细菌多达每克粪便中含有1千万≈1万万个。
若水或食品中发现大肠菌群的细菌，则表示水或食品被人和温血动物粪便所污染，而有粪便的污染就可能有肠道病原菌(伤寒杆菌、痢疾杆菌等)。因此大肠菌群或大肠杆菌可以作为肠道致病菌污染食品的指标菌。食品中大肠菌群的污染程度常用菌量表示。
肠球菌:肠球菌是链球菌属中一群
革兰氏阳性球菌，呈长链状或短链状。与食品有关的链球菌，主要是
粪链球菌和粪渣链球菌。肠球菌主要来源于粪便。过去和现在，大肠菌群或大肠杆菌长期以来作为粪便污染的指标细菌，广泛应用于一-般食品的常规细菌检验。但是这类细菌是嗜温菌，在低温、冰冻状态下容易死亡，这就降低了它应有的指标作用。将具有抵抗冰冻力的肠球菌作为指标细菌，用于冷冻食品的细菌检验，指标效果要优于大肠菌群，但检验方法要复杂得多食品卫生标准中，这三种不同的细菌指标，其卫生学意义不同，它们既有联系，又有区别，应根据实际情况加以应用，以对食品卫生质量作出正确的判断。
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