首先纠正一个错误，在朱允炆被立为皇太孙时，秦王、晋王都还没有去世。当时，太子朱标是在公元1392年去世，也是在这同一年，朱允炆被立为皇太孙，成为大明帝国未来皇帝的继承人。而老二秦王朱樉是在三年后才因病去世，老三晋王朱棡则是和朱元璋一样，都在1398年因病去世。
从这层意义上说，在朱标死后，如果朱元璋想继续立自己儿子为太子，那首先考虑的也是老二秦王，因为从年龄上来说，在朱标死后，秦王在朱元璋的儿子辈中，就是顺理成章的继承人。
但问题是，秦王在朱标去世的前一年，曾和自己的次妃偷偷穿龙袍和凤袍，结果被人举报，盛怒下朱元璋直接将秦王的次妃处死，还差点废了秦王的王位，好在朱标求情才幸免于难，但此后朱元璋对秦王就不再感冒。
所以，就算朱元璋因为这个缘故不考虑立老二秦王，那他也会先优先考虑老三晋王，而事实上，在朱元璋的所有儿子当中，除了太子朱标，朱元璋最看重的，就是晋王朱棡和燕王朱棣。当时大明帝国排的上号的名将，比如宋国公冯胜、颍国公傅友德，都要受到他俩的节制，由此可见朱元璋对他俩的重视。
也正因为此，在朱标去世后，秦王和晋王都成为储君之位的热门人选，对于秦王来说，他的优势是年龄，劣势是不受朱元璋喜欢；而晋王的优势是深受朱元璋倚重，并且挡在他前面的秦王又受到过朱元璋的责罚。至于燕王朱棣，在年龄上，他前面有秦王和晋王两个人；在朱元璋的喜欢上，晋王可以和他分庭抗礼，而晋王又比他又年龄和法理优势，所以当时的朱棣，根本没有资格来当太子。
然而，朱元璋最后却选择朱标的二儿子（长子已夭折），年仅12岁的朱允炆来当太子，完全超出所有人的意料。那么，朱元璋为什么要这样做呢？原因主要有两个方面：
一是朱标从14岁被立为太子，到37岁去世，足足当了二十三年的太子，再加上朱元璋对他尤为倚重，所以他的太子府里早就聚集了一股庞大的利益集团，也就是所谓的太子党，将来朱标继位，这些人自然会深受重用。
后来，虽然朱标去世，但这股庞大的太子党却依然存在，如果朱元璋选择另立其他儿子，这群太子党，就必须全部铲除，否则他们为保住自己的利益，很有可能通过扶持朱标的儿子来和新太子对抗，这样大明帝国很有可能产生一场动乱。
与此同时，如果朱元璋另立其他儿子，朱标的儿子们，很有可能被将来的新皇帝给杀掉，尤其是朱允炆，因为朱标是朱元璋的嫡长子，而朱允炆则算得上是朱标的嫡长子，从法礼上来说，朱允炆才是大明帝国最有身份、最纯正的皇位继承人。朱允炆有着这样的身份，哪个新任皇帝敢把他留下来呢？
在这种背景下，朱元璋一方面不想大规模铲除太子党，毕竟这些太子党都是他当年精心为朱标所挑选的辅政人才，另一方面也不希望将来自己的骨肉相残，所以他只能选择朱标的儿子朱允炆来当太子。这样太子党就可以保全下来，继续辅佐皇孙朱允炆，而朱允炆本身就是法礼上的皇位继承人，所以他当皇帝，其他人对他不会有威胁，这样也就不用面临骨肉相残。
朱元璋立朱允炆为太子的第二个原因，是从朱元璋自身的安全考虑。在朱标去世时，朱元璋已经65岁，如果他让秦王、晋王或者燕王朱棣之类的强势儿子当太子，那日益衰老的朱元璋，面对一个这种野心勃勃，并且已拥有强大军事班底的儿子，他靠什么来保证皇权与太子之间不发生矛盾呢？
事实上，朱元璋的这种选择，就和当年汉武帝在太子刘据死后，放着自己6个成年儿子不立，反而立8岁的刘弗陵为太子是一个道理。甚至而言，这种做法和李世民放着吴王李恪这种优秀儿子不立，却立李治这种软弱儿子为太子也是同样道理。
当然，朱元璋这种做法，在南北朝之时也有类似的事，齐武帝萧赜，也是在太子死后放着成年的儿子不用，非要一个年幼的太孙当皇权继承人，结果呢？这个太孙刚当皇帝不久，就领着齐武帝的兄弟、儿子全部走向死亡之道。
