有关部门可能作为法律依据的是《
动物防疫法》或《传染病防治法》。首先明确，患有新冠的宠物无法适用这两部法律。
先看《动物防疫法》。该法第31、32条规定，发生一类或二类动物疫病时，县级以上政府可以采取扑杀措施。不过，根据
农业部《一、二、三类动物疫病病种名录》，新冠不在其中，因此不适用本条规定，即患新冠的动物不能依据该法被扑杀。即使适用，也应当按照该法第66条由政府给予补偿。这比较类似于政府征收你家的房子或者土地也要给予补偿。
再看《传染病防治法》。该法第42条规定，传染病流行时，县级以上地方人民政府在
必要时，报经上一级人民政府决定，可以采取扑杀染疫野生动物、家畜家禽的措施并予以公告。
换句话说，依据本条的合法扑杀必须同时满足6个条件：
第一，必要。第二，扑杀行为由县级以上地方人民政府实施。第三，报经上一级人民政府决定。第四，拟被扑杀的动物已经染疫。第五，动物属于野生动物或家畜家禽。第六，政府对扑杀措施进行公告。
下面进行逐一拆解：
1. 必要
指没有其他合理措施可以替代扑杀的防疫效果。
2.由县级以上地方人民政府实施
扑杀措施应由县级以上政府实施。
3. 报经上一级人民政府决定
县级以上政府报经市级以上政府，再由市级或以上政府决定扑杀。也就是说，未经市级以上政府决定的扑杀涉嫌违法。
4. 拟被扑杀的动物已经染疫
以新冠为例，按照相关医疗指南，应当是
新冠病毒检测配合临床症状甚至血清检测方能确诊。动物目前未见明确标准，不过仅仅是
核酸检测肯定是不足以确诊的。不过，如果是一群动物染病，扑杀时似乎并不需要每一只都确诊。
5. 动物属于野生动物或家畜家禽
猫狗肯定是不属于野生动物和家禽了。至于是否是家畜，则要看农业部2020年公布的《国家畜禽遗传资源目录》。
农业农村部制定这个目录的时候，参考国际惯例和民众呼声，明确没有将猫狗等伴侣动物列入其中，有兴趣的朋友可以自行查看。里面主要是各个品种的猪牛羊鸡鸭鹅，还有鹿、水貂、鸵鸟、狐狸之类，总之没有猫，也没有狗。
6. 对扑杀措施进行公告
倒没明确规定必须在扑杀之前公告，但至少得在合理时间内公告。