历史上没有记载过他的妻子和后代。
本人最后没有回日本。据《古今和歌集》，宝龟元年正月（770年2月1日－3月1日）晁衡阿倍仲麻吕最终长眠于长安，最后埋骨唐土。
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仲麻吕在唐五十四年，历仕玄宗、肃宗、代宗三代皇帝，备受厚遇，官至客卿，荣达公爵。但是，仲麻吕眷恋乡士之情未尝稍减。开元21年（733年），仲麻吕曾以双亲年迈，请求归国。因玄宗皇帝挽留，未能实现宿愿。天宝十一载末（752年），以藤原清河大使为首的日本第十一次遣唐使到达长安。其副使吉备真备是和仲麻吕同时入唐留学的好友，久别重逢，自然不胜感慨，于是仲麻吕又动思归之念。
翌年，遣唐使事毕将归时，仲麻吕请求同归。这时仲麻吕入唐已经三十七年，是五十六岁的老人了。唐玄宗感念他仕唐几十年，功勋卓著，家有年迈高堂，割爱允求，并任命他为唐朝回聘日本使节。任命一个外国人为中国使节，历史上是罕见的，这说明仲麻吕是如何得到朝廷的器重和信任。
仲麻吕获准回国的消息传出以后，长安朝野人士,纷纷送别，依依不舍。素与仲麻吕交好的诗友们，怀着惜别的激情，挥笔作诗赠别。诗境深远，亲切感人。仲麻吕也以十分激动的心情写了《衔命还国作》的动人诗篇，赠答友人： 衔命将辞国，非才忝侍臣。天中恋明主，海外忆慈亲。伏奏违金阙，騑骖去玉津。蓬莱乡路远，若木故园林。西望怀恩日，东归感义辰。平生一宝剑，留赠结交人。
六月，仲麻吕随藤原清河大使一行辞别长安，往扬州延光寺邀请鉴真和尚东渡。十月十五日，他们分乘四船从苏州起航回国。他们在归国途中遇到了风暴，藤原清河大使和仲麻吕所乘的第一船触礁，不能继续航行,与其他三船失掉联系，被风暴吹到越南的驩州海岸。
登陆后，不料又遭横祸，全船一百七十余人，绝大多数惨遭当地土人杀害，幸存者只有仲麻吕和藤原清河等十余人。公元755年（天宝14年）6月，他们历尽艰险，再次入长安。好友们见到仲麻吕脱险归来，不胜为之惊喜。
然而，曾几何时，又遇兵燹。十一月，安禄山叛乱。唐玄宗蒙尘四川，仲麻吕随往避难。直至肃宗至德2年（757年）12月，玄宗自蜀还幸长安，仲麻吕亦随之返还。是年仲麻吕已六十一岁。以后再度仕官，历任左散骑常侍兼安南都护、安南节度使。大历五年（770年）终于长安，时年七十二岁。
参考链接：百度百科-阿倍仲麻吕
历史上没有记载过他的妻子和后代
参考：
阿倍仲麻吕入唐54年，至死未归，但史料中却从未提到过他的婚姻问题。倒是他的傔人（随从人员）羽栗吉麻吕，有史料记载与唐人女子成婚生下了两子。同船遭遇风暴滞留大唐的遣唐大使藤原清河，后来也与唐女结婚，生育一女，取名喜娘。喜娘于779年随遣唐使回日本探亲。另外，日本留学僧弁正，入唐后还俗成家，生下了秦朝元、秦朝庆兄弟。秦朝庆留在母亲身旁，秦朝元则在12岁时随遣唐使回到日本，后来又出使大唐。唐朝时期蕃胡与汉人通婚的现象可能比较多，不然不会引起朝廷的关注。早在贞观二年（公元628年），唐太宗就曾下令：“诸蕃使人所取得汉妇女为妾者，并不得将还蕃”。可见唐朝政府是允许蕃胡与汉人结婚的，只是不准将汉人带回本国。不过，日本留学生大春日净足留唐期间与唐女子李自然结婚，后来却破例被允许夫妻双双荣归日本。本回答被网友采纳