这种接种疫（菌）苗之后鸡不产生足够的抗体，仍然对现场感染敏感，称为免疫失败。
发生了免疫失败，人们往往抱怨疫苗不好。虽然这确实是重要的原因，但还要考虑是否有别的原因造成了免疫失败。归纳其原因，主要有如下几个方面：
（1）幼鸡的免疫系统发育不成熟，加上母源抗体的影响，所以人工免疫幼鸡往往不能获得坚强的保护。鸡体内高水平的母源抗体可干扰活苗中微生物在体内的增殖，从而降低所产生的免疫力。例如，种母鸡若是具有高水平的抗传染性法氏囊病抗体，那么它的雏鸡通常会在出壳数周内具有高水平的抗体（母源抗体），如果在这时接种疫苗，有些疫苗病毒就会被灭活，从而疫苗产生的免疫反应就会较低。
（2）应激可降低鸡产生免疫反应的能力。应激包括恶劣环境（温度突变、高湿）、营养不良、寄生虫病、传染病（鸡传染性法氏囊病、鸡马立克氏病、鸡传染性贫血）和其他疾病。鸡可能产生免疫抑制，免疫接种后鸡只产生有限的免疫力，却会产生严重的疫苗反应（发病和死亡）。
（3）对活苗操作不当，会将其中活的微生物灭活。在使用活疫苗之前，应记录瓶子上的批号和有效期。要按标签上的要求保存和处理。活苗一旦被稀释好，应尽快用完。鸡传染性支气管炎疫苗在室温条件下会在1小时以内丧失其50%的效价。经饮水或气雾接种活苗时，疫苗病毒在水中或空气中分布不均匀，易造成舍内某些部位的鸡漏接，故依靠疫苗病毒自身的传播是很危险的。如果灭活苗漏接，则鸡就完全不产生免疫力，因为死苗不会在不同个体之间传播。
（4）疫苗中所含的菌株或毒株血清型若不是针对欲防止的疾病所需要的那种，那么即使疫苗使用正确，产生的抗体水平也充足并且均匀一致，但鸡仍然发病。例如在鸡传染性支气管炎和鸡传染性法氏囊病的免疫时常出现。
（5）鸡在接受免疫接种时可能已潜伏着疾病。在这样的情况下，即使疫苗使用正确，鸡也会发病，因为从接种到产生抗体要有一定的时间才行。首次接种活苗的话，最早也要在接种后5天才能检测到抗体，并且还要经过一段时间抗体才会达到具有保护力的水平。
（6）疫苗质量低劣。主要问题是疫苗微生物含量不足，使用非SPF动物（SPF动物指无特定病原体动物）及其胚或细胞制苗而导致强毒的混入。其次是运输保管不当造成疫苗失活。
此外必须明确的是在群体免疫时，由于个体差异的影响，少数免疫水平低，甚至发病死亡，这不能叫免疫失败。