1、机构性质不相同
事业单位一般是国家设置的带有一定的公益性质的机构，但不属于政府机构，与公务员是不同的。一般情况下国家会对这些事业单位予以财政补助。
分为全额拨款事业单位，如学校等，差额拨款事业单位，如医院等，还有一种是自主事业单位，是国家不拨款的事业单位。
2、身份不相同
进入行政编制的意味着你是国家公务员，如通过了选调生考试就是国家公务员。国家公务员享受着国家的各种法定待遇，如医疗、晋级等。
事业编制是事业单位编制的总称，像学校就是典型的事业单位。事业编制不一定要求是公务员，而进入行政编制的要求是必须要通过国家公务员考试。
3、级别不相同
在行政编制就是国家公务员，是有级别的。如你第一年是科员，可能是最低一级的，你几年以后当了科长，就是股级。再几年以后当了局长，就是局级。
你如果是行政编制，那你就是“走”级别的。而事业编制，名义上是国家干部，实际上还是工人身份，“走“的是职称，比如你几年以后是初级工，几年以后是中级工，几年以后是高级工。
4、退休后待遇不相同
公务员不用交养老金，所以退休后差别还是比较大的，如果是你是事业单位的，那你每个月发的工资中，会扣除养老金。而公务员不用扣。在部队同样级别，工资待遇基本相同。转业以后，因编制不同，待遇可能就会相差很大了。
公务员编制是行政编制，是政府机关的正式人员。
按照《国家公务员管理条例》规定，国家行政机构(即国务院、各级地方人民政府，以及国务院各职能部门、地方人民政府各职能管理机构)的行政编制人员实行公务员管理，国家权力机构、国家司法机关、党派组织、人民政治机构的人员参照实行公务员管理。
而事业单位一般不要求实行公务员管理，但也有个别事业单位参照实行公务员管理。
事业编制是辅助编制，事业编制按照财政来源三类：全额事业编制、差额事业编制和自筹自支事业编制。
具体区别
(一)工作内容
公务员是国家政府工作部门的工作人员，具备行政执法权。而事业单位是服务性质的单位，通常情况下是不具备行政执法权的，这是事业单位与公务员之间最大的差别所在。当然看到这里大家会觉得公务员权利大呗!但是其实是，公务员工作压力会比较大，而事业单位工作则相对比较清闲啦~
(二)晋升途径
公务员编制晋升是按照级别来走的，晋升途径一般是从科级、初级、局级到部级。比如你第一年是科员，几年以后当了科长，再几年以后当了处长，然后当上了局长。公务员参照公务员法进行考核选拔，不签劳动合同。
而事业编制是按照职称来的，晋升途径一般是由初级工、中级工到高级工，岗位一般则是分为管理岗和技术岗，需与用人单位签订劳动合同的。
简单地说，公务员是拥有干部身份的，而事业人员名义上是国家干部，实际还是工人的身份;公务员工作更加稳定，而在事业单位工作则与在企业工作一样。
(三)薪酬待遇
公务员的工资收入是按照《国家公务员管理条例》的规定发放，并根据国家财政状况进行调资，公务员享受的保险福利是按照《国家公务员管理条例》的规定执行。
事业单位人员的工资收入一般不受国家约定，由各事业单位根据市场情况而定，事业单位人员享受的保险福利是按照国家有关的社会保障规定执行的。