1.功能太复杂，工厂员工不愿意使用（易用性）
生产企业想要控制生产的每一个过程，扣除每一个环节，所以会MES系统，但MES系统功能太复杂，企业员工对于这么多复杂的功能更抗拒使用MES系统，认为系统浪费时间，这是许多企业选择MES系统的担忧。
其实对于这样的问题，还是能找到解决办法的，比如减少过渡设计，计算生产线员工的绩效，可以随时查看，这样员工不使用MES系统就没有绩效，也可以鼓励员工使用MES系统。
2.能否配合企业调度生产线（灵活性）
每个企业的每一条生产线都不是一成不变的，而是随着市场的变化而调整，以满足市场的变化。很多企业会考虑，如果生产线调整，MES系统没有及时或配合MES系统功能的调整，之前的MES系统是否会浪费，必须再做一套，浪费企业资金。
随着企业的发展，企业的商业模式、管理思路、组织方式都在不断地发生变化。相对应的，我们的MES系统也要不断的变化，灵活应对企业业务模式和管理流程变化的需求。
3.适合企业（适用性）
为了确保所选的MES系统适合企业，企业在选择之前必须对MES系统有足够的了解，了解各部门的需求，以便在与开发公司沟通时能够在短时间内解释他们需要什么功能。当然，无论MES系统的功能如何变化，都必须能够支持升级更新，二次开发等。
4.售后服务
大多数企业都在不断发展壮大，在未来的发展中可能需要软件系统来扩展功能。因此，在选择MES系统时，必须找到特别好的售后服务。只有这样，双方才能进行良好的沟通，合作才能更加愉快。
5.安全性
在选择MES系统时，首先要考虑的是系统的安全性能。要想使用MES系统，必须保证系统不泄露企业的所有信息。一旦发生泄露事件，企业造成的损失将无法估计。因此，在选择系统时，必须确保其安全性高，使企业在使用时不会有任何后顾之忧。
因为企业生产体系的完善可以使企业更好地发展，只有良好的MES产品才能为企业生产信息管理提供更好的管理平台。