已知某段DNA序列，如何设计实验得到该DNA可能具有的功能

Question

如题，已知一段DNA序列，怎么样才能知道这段DNA可能的功能呢
另外还有一个问题，已知某蛋白，如何证明该蛋白是否能够结合到某段DNA调控序列上（即是否能够影响其下游基因的表达）
求助！！！
是几道考研常考的分子生物学实验类题目，最好用本科的知识回答的。主要是基本的原理，至于步骤简单点就行。非常感谢回答的各位，但是没看懂…继续求助…

Answer 1

1. 先做序列分析。看是编码序列还是非编码序列。如果是编码序列，则看所编码的蛋白质功能。非编码序列，到Google上搜promoter prediction。然后输入你的序列。可以推测该序列作为promoter的功能。

2. 证明就是要做实验了。ChIP是金标准。原理就是先固定活细胞，使DNA和其上所结合的蛋白发生交联。再用超声震荡是DNA－蛋白质复合体的大小到1K左右。然后用针对该蛋白的抗体做免疫沉淀。这样只有和该蛋白结合的DNA才会被一起沉淀下来。然后复性DNA。收集后做PCR。看是不是你要的那段序列。

Answer 2

一个DNA序列不一定是一个基因，个人认为要是考题的话改成基因比较好。将含有这个基因的正义和反义序列的载体分别导入该物种，使基因超表达或沉默，看看对生物体的影响以推测其功能。第二题的话，用该蛋白与部分酶切后电泳分离的DNA片段杂交看看有无杂交信号，有的话回收该DNA片段，与特殊的用于启动子筛选的载体连接，导入菌种看看有没有阳性菌，有的话就说明该蛋白与启动子有相互作用啦！当然在这里只是简单叙述一下，做起来的话会很麻烦也有一定难度。

Answer 3

对于基因组序列分析,采用单链DNA模板和缓冲液梯度聚丙烯酰胺凝胶电泳是一种有效的测定方法。

Answer 4

第一个问题：RNAi,
第二个问题：CHIP(染色质免疫沉淀)

Answer 5

第一个 设计引物 pcr扩增 然后转入感受态 E. coli 看表达效果
或者尝试做基因knock out 看有什么影响 剩下我也不知道有什么好方法了～～

第二个，去服务器上做一个结构模拟 看一下是不是相应的DNA结合位点 另外貌似现在不是有转录因子的数据库吗？可以尝试着比对一下