科研工具推荐 | 生信分析数据可视化你可能会用到的工具

Question

如题所述

Answer 1

在整理实验或生信数据时，数据可视化是将数据转为易于理解图表的关键步骤，以展示和解释研究结果。面对数据可视化需求，R语言是常用工具，但并非每个人都具备编程技能。因此，本文章推荐了零代码操作的网页工具，帮助进行生信分析与数据可视化。以下是介绍的几款工具：
1. **《数据可视化手册》** - 一本适合初学者的指南，通过免费在线工具，如谷歌Sheets、Datawrapper和Tableau Public，教授如何制作交互式图表和定制地图，以展示数据故事。PDF下载方式已提供。
2. **RAWgraphs**（rawgraphs.io） - 开源免费可视化工具网站，能轻松生成多种图表。具体教程可在线检索或参考知乎上的ZouL老师的教程。
3. **数智生物 GraphBio**（graphbio1.com） - 由王老师推荐，界面简洁，按示例格式上传数据即可生成图表，非常实用。
4. **Plotly**（chart-studio.plotly.com） - 提供Python图形库，制作交互式、出版级别的图形。示例包括折线图、散点图等。
5. **微生信**（bioinformatics.com.cn） - 操作简单、功能强大的网站，包含可视化工具，适合高通量测序分析，但有使用时效限制。
6. **Jvenn**（jvenn.toulouse.inrae.fr） - 主要用于两组基因的比较分析，提供交集图，操作简便，最多支持六组数据。
7. **派诺森基因云**（genescloud.cn/home） - 专注生物大数据分析及可视化，包含云图汇、云分析、云学院三大模块，内置近百款可视化工具。
8. **ImageGP**（bic.ac.cn/ImageGP/index） - 操作简单，导入数据后生成图表，但导入规则和数据格式有特定要求。
9. **SangerBox**（sangerbox.com/home.html） - 生信工具盒内含绘图工具，详细教程可在网站上找到。
10. **GEPIA2**（gepia2.cancer-pku.cn/#） - 在线TCGA基因表达和生存分析工具，适用于基因差异表达、相关性等研究，结果可直接导出。
11. **联川生物云平台**（omicstudio.cn/tool） - 提供多种生物信息学分析和可视化工具，有不同等级的服务供选择。
12. **Circos**（omicstudio.cn/tool） - 无需任何基础，输入特定格式文件即可生成弦图，用于数据可视化。
13. **基迪奥生信云工具**（omicshare.com/tools/Hom） - 工具数量丰富，但服务存在VIP和proVIP级别。
14. **BioLadder**（bioladder.cn/web/#） - 上线了40多个生物学分析模块，涵盖数据可视化、组学数据分析、功能分析和数据预处理。
15. **仙桃学术**（xiantaozi.com/products） - 解螺旋旗下提供写作、数据可视化和数据检索工具，免费版与付费版图表类型有所不同。
16. **R Graph Gallery**（bioladder.cn/web/#） - 提供广泛的R生成图形示例，按照数据到可视化分类，包含近50种图表类型。
17. **图之典**（tuzhidian.com/） - 为统计分析和图表绘制提供代码和教程，对生信初学者有帮助，但不直接生成图表。
本文推荐的工具涵盖了从入门到进阶的各个层次，无论是初学者还是有经验的用户，都能找到适合自己的工具，帮助高效地进行数据可视化，为科研文章增光添彩。