公司对员工罚款是不合法也不合理的。对公民的财产行使经济处罚权的主体只能是法律法规赋予的行政机关、司法机关等有授权的主体，且应严格依照法律法规所规定的程序执行。
法律分析
企业无权对员工进行罚款，但是企业可根据内部实行的规章制度降低员工的工资待遇。结合中国国情和劳动法的立法精神来看，立法并未明文规定企业罚款权。而劳动者和企业之间并非完全意义上的平等主体，双方的关系应当受劳动法等社会法来调整。企业行使经济处罚权是以剥夺劳动者的经济利益为代价的，对劳动者是不公平的。假如允许，由于劳动者在劳动关系中事实上的弱势地位，企业很容易凭借其优势地位，滥用罚款权，随意处罚劳动者，故司法机关不应支持企业依据内部罚款制度对劳动者克扣工资。员工在工作中出现错误或失误的，如果公司对其采取了处罚措施，那么员工可以向劳动机构申请仲裁。如果员工因违反企业管理条例或在工作中出现重大失误而给公司造成重大损失的，公司可以采取警告、记过、记大过、降级、撤职，留用察看和开除等方式来对员工进行处罚。
法律依据
《工资支付暂行规定》 第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
《中华人民共和国行政处罚法》 第八条 公民、法人或者其他组织因违法行为受到行政处罚，其违法行为对他人造成损害的，应当依法承担民事责任。违法行为构成犯罪，应当依法追究刑事责任的，不得以行政处罚代替刑事处罚。
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