楼主问的是支付宝，不是阿里巴巴集团。
2011年5月，雅虎向SEC提交的文件显示，阿里巴巴集团将支付宝的所有权转移给浙江阿里巴巴电子商务有限公司(以下简称：浙江阿里巴巴)。浙江阿里巴巴由马云和阿里巴巴创始人之一的谢世煌分别持有80%和20%的股份。这就是当年闹得沸沸扬扬的支付宝股权转移事件。当时，外界质疑马云将支付宝装进了自己的腰包。马云因此遭遇巨大的信任危机。
支付宝所有权转移到浙江阿里巴巴后，浙江阿里巴巴的股东结构2013年年初曾发生一次变更。据《财经》报道，工商资料显示，2013年1月11日浙江阿里巴巴变更后的股东结构为，杭州君澳股权投资合伙企业（有限企业）持有41.14％，谢世煌持有11.57％，马云持有46.29％。马云仍是该公司的最大股东。
其中的杭州君澳股权投资成立于2012年11月，股东由阿里巴巴集团彭蕾、陆兆禧、邵晓峰、曾鸣、王帅、姜鹏等20位高管组成。
2013年3月，支付宝的母公司——浙江阿里巴巴电子商务有限公司，宣布将以其为主体筹建小微金融服务集团（以下称“小微金服”），小微金融（筹）成为蚂蚁金服的前身。2014年10月，蚂蚁金服正式成立。
2015年7月，蚂蚁金服完成A轮融资，公开数据显示，当时融资额120亿元，蚂蚁金服将12.4%的股份出售给包括全国社保基金、国开金融、国内大型保险公司等在内的8家战略投资者，当时外界预计估值450亿美元。
2016年4月26日，蚂蚁金服正式对外宣布，公司已于日前完成B轮融资，融资额为45亿美元（约292亿人民币）。这也是全球互联网行业迄今为止最大的单笔私募融资，意味着互联网金融的中国模式已经领先全球。
B轮融资新加入的战略投资者包括中投海外和建信信托（中国建设银行下属子公司）。
B轮增资扩股后，全国社保基金理事会仍持有 5%股份，中投持有约 3%股份。国开金融与四家保险公司各投资约 9 亿元人民币，每家约占 0.5%；此外还包括春华基金和国资背景的上海金浦产业基金两家 PE 机构。
此前，尚处于筹建过程中的蚂蚁金服曾公布过目标股权架构，即 40%由员工持股，另 60%股权将引入外部战略投资者。A 轮融资后，外部战略投资者持股共逾 8%。据财新，B 轮融资后，蚂蚁金服的外部战略投资者持股比例已超 15%。
阿里递交给SEC的文件显示，到2017年5月，君瀚持有蚂蚁金服约42.28%股权，君澳持有34.15%股权，其他股东持有23.57%股权。马云作为君澳和君瀚的无限合伙人拥有投票权。马云通过君澳和君瀚对蚂蚁金服进行控制，进而掌握支付宝，也解决了支付宝在国内合规的问题。文件介绍，马云对蚂蚁金服直接或间接持股在蚂蚁金服正式IPO前将被限制在8.8%。
2018年6月8日，浙江蚂蚁小微金融服务集团股份有限公司（简称“蚂蚁金服”）宣布正式签署C轮融资协议，融资规模约140亿美元，估值1500亿美元。本轮融资包括蚂蚁金服直接向国内投资人募集的人民币资金以及通过其境外全资子公司Ant International Co., Limited向国际投资人募集的美元资金。
本轮融资中，境内人民币融资主要面向蚂蚁金服的现有股东；境外美元融资则面向全球领先的机构投资者，包括新加坡政府投资公司（GIC）、马来西亚国库控股（Khazanah）、华平投资（Warburg Pincus）、加拿大养老基金投资公司（CPP Investment Board）、银湖资本（Silver Lake）、淡马锡（Temasek）、泛大西洋资本集团（General Atlantic）、T. Rowe Price旗下基金、凯雷投资集团（Carlyle）、Janchor Partners、Discovery Capital Managemen、Baillie Gifford以及春华资本（Primavera Capital）。本轮融资将主要用于支付宝的全球化拓展，自主科研投入和全球顶尖人才的招募，以及培育新兴市场的本地科技人才。
根据2014年阿里巴巴和蚂蚁金服签定的协议，2019年9月24日，阿里巴巴集团官方宣布，已经收到蚂蚁金服33％的股份。
