日本最好的动漫专业大学如下：
1、京都精华大学。
京都精华大学简称精华大或精大，成立于1968年，被称为关西四美大之一，是全球第一所设立漫画专业的大学。日本京都精华是漫画专业领域中极具代表性的大学，拥有优秀的教授阵容，是培养漫画家和漫画研究者的摇篮，在世界都倍受瞩目，因此位列日本漫画专业大学排名第一。地址：京都府京都市左京区岩仓木野町137。
2、武藏野美术大学。
武藏野美术大学简称武藏美，作为日本最出色的动画学府，具有极高的教学质量及学术威望。精益求精，不急不躁的匠人精神完全融汇在了武藏野美术大学的教学特色之中。全日本最优秀的师资聚集，极低的修士录取概率，令武藏美成为最难攀登的动画教育巅峰。地址：日本东京都小平市小川町1—736。
3、大阪艺术大学。
大阪艺术大学简称大艺、艺大，为关西四美大之一，是关西地区最大的艺术类专门院校，也是日本动漫专业最好大学之一，它是目前唯一一所只认EJU考试成绩不认JLPT成绩的学校。该校著名校友有庵野秀明、士郎正宗等，值得一提的是该校的手办艺术专业在日本院校中开设的并不多，地址：日本大阪府南河内郡河南町东山469。
4、别府大学。
别府大学前身是成立于1908年丰州女子学校，迄今已有上百年的历史，是日本历史最悠久的高等学府之一。该校文化艺术学科中的漫画、动画专业更是处于全球领先水平，从理论、手绘、脚本的制作到最终的演习，每一年级都会针对动漫学习开设专业性的课程，是学生学习动漫的理想大学。地址：日本大分县。
5、名古屋造形大学。
名古屋造形大学为1967年建设的私立大学，由学校法人同朋学园经营，开设有日本画、西洋画、雕刻、漫画、数字媒体设计、产品设计、艺术制作等课程，为日本动漫专业最好的大学之一。它是中部地区唯—所有较全面的ACG专业的大学，也是整个日本中部最顶级的学府，已获得中国教育部的认证。