1、性质不一样
神经递质是神经元之间或神经元与效应器细胞如肌肉细胞、腺体细胞等之间传递信息的化学物质。突触小泡，在神经元的不同部位形成，在小泡中含有高浓度的化学传递物质，随着神经末梢的兴奋，小泡的内含物向突触间隙释放而引起突触传递。
2、位置不一样
递质贮存于突触小泡内，不被胞浆内其他酶所破坏，在神经冲动到达时，能被释放进入突触间隙。突触小泡位于突触前细胞的一组小泡状结构，储存乙酰胆碱，在神经细胞内起调节乙酰胆碱的作用。
3、结构不一样
突触的组成有多种类型，神经元彼此的任何部位几乎都能组成突触，但以轴突细枝末端所成的突触小结贴附于另一神经元胞体或树突表面所成的居多。按照神经递质的生理功能，可把神经递质分为兴奋性递质和抑制性递质。