根本原因是清单工程量计算规则与定额工程量计算规则不一致造成。
清单工程量计算规则中开挖量不考虑工作面、放坡等附加量，而定额工程量计算规则中开挖量考虑工作面、放坡等附加量。
而回填量等于开挖量减埋设的基础体积。两个开挖量不同，回填量就不同了。
以下是GB50500-2013清单的计算规则
010103001 回填方 3.基础回填：挖方体积减去自然地坪以下埋设的基础体积（包括基础垫层及其他构筑物）。
010101003挖沟槽土方 1.房屋建筑按设计图示尺寸以基础垫层底面积乘以挖土深度计算。
不过在清单土方工程后面加了一句话，对附加量留了一个活口：
⑧挖沟槽、基坑、一般土方因工作面和放坡增加的工程量（管沟工作面增加的工程量），是否并入各土方工程量中，按各省、自治区、直辖市或行业建设主管部门的规定实施，如并入各土方工程量中，办理工程结算时，按经发包人认可的施工组织设计规定计算，编制工程量清单时，可按表 A.1-3、 A.1-4、 A.1-5 规定计算。
据我所知，湖北省就直接附加量纳入了清单工程量中。
就我的工作经历，现在一般造价单位在编制造价时，在算沟槽开挖时一般只采用定额工程量计算规则，避免在两个规则中来回换算增加麻烦。