员工擅自离职用人单位应当结清工资，但劳动者应赔偿损失。
劳动者擅自离职，指劳动者根据用人单位和自身情况擅自离职，而强行解除与用人单位的劳动关系的一种行为。因辞职或要求解除合同未准，擅自离职或违约出走；未说明原因不辞而别；受优厚待遇诱惑擅自“跳槽”等均属擅自离职，属于违法解除合同，按《劳动合同法》第九十条、劳动部《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》（劳部发〔1996〕354号）第18条规定，造成用人单位损失的，应当承担赔偿责任。
工资是用人单位依据劳动合同的规定，以各种形式支付给劳动者的工资报酬，按劳动部《工资支付暂行规定》第九条规定，用人单位应当按劳动者出勤结清工资。
拓展资料
擅自离职指擅自撕毁劳动合同或虽经向所在企业提出辞职而未获准即行离开工作岗位的一种行为。在我国当前经济体制改革推动下，实行将固定用工制改为用工劳动合同制。企业用工可通过企业所在地劳动主管机关(劳动局或劳动服务公司)的介绍，或者由企业或用工单位自行向社会公开招收招聘、按照择优原则，通过考核录用，试用3个月至半年，再通过考核然后定工种等级。
一般新招职工，须进行技术、业务、文化等培训。培训期视需要而定，多数在3个月以上。按我国有关规定，培训期达3个月以上者，结业后的1年以内不准辞职，如坚决辞职或擅自离职的，则必须负责赔偿企业对其本人培训所支付的费用损失。所以擅自离职的职工，不但要负责赔偿培训费，而且要负因其擅自离职所造成的有关经济损失。必要时，应负法律责任。
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