不知道楼主对编译过程了解多少？
你的程序可能是源代码，Fortran的以前没有写过，熟悉的是C/C++的源代码，运行之前，要通过编译链接成可以执行的2进制代码文件，然后才可以运行。你的这个也差不多。
首先找到你的Linux主机的合适的编译器，比如g77，f77或者直接用gcc的子集。
有Makefile就很好了。你也可以看一下有么有configure文件。估计你的源代码比较多，所以自动编译比较好。关于可以用的编译器，你可以参考这个说明：
http://www.360doc.com/content/10/0320/20/16546_19563616.shtml#1. 如果有 configure文件，就运行他，这个是根据你的主机的配置环境自动找到相关需要的软件，然后自动生成Makefile用的。如果某一个工具不存在就会报错并提示，安装相应的工具软件才能继续，所有的都通过测试后，或自动生成编译需要的makefile；
2. 直接make ，在shell 中输入 make 就可以了。
3. 如果有测试就运行 make test；make过程中没有报错的话，一切完成了就可以去编译好的目录里运行你的Fortran程序了。
4. 如果需要，可以安装，输入 make install 就可以了。
--------不知道你 具体要编译的是什么源代码，可以hi我，或发我看看，有助于更好的帮你解决。祝好。--------