1.云霄飞车杀人事件（TV 1）01：工藤新一变小前的最后一案，琴酒和伏特加第一次登场，神药APTX4869首次在漫画应用，一切的谜题就此展开。
2.奇怪的寻亲杀人事件（TV 13）& 黑衣组织10亿元抢劫事件（TV 128）02：动画自讨苦吃的制作。漫画中宫野明美首次登场，有一个妹妹的情报流出，为日后宫野志保华丽的出场埋下伏笔。
3.新干线大爆破事件（TV 5）04：柯神十分冲动的年代，见到琴伏就往前冲，黑衣组织第二次的大动作。
4.电玩公司杀人事件（TV 54）12：误算的爆炸案，组织里的龙舌兰刚出场，报出琴伏二人的名号就被炸死，柯神一路追踪，终至徒劳无功。
5.来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件（1）（TV 129）18：灰原哀闪亮登场，无法忘怀柯神听到真相时震惊的表情，柯南中无可匹敌的人气角色就此诞生。
6.与黑衣组织的再会（TV 176~178）24中：第一个激动人心的主线情节。灰原哀和柯神遭遇重大危机，琴酒展现才能的事件，组织里的老人匹斯可登场，惊心动魄的事件。
7.工藤新一纽约事件（TV 286~288）34：回忆篇，隐藏了许多伏笔。
8.与黑色组织的接触（TV 309~311）37中：柯神与组织最失败的对决，危险到无以复加，活命全靠运气，单打独斗的柯神最后的表演。
9.与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案（TV 345）42大：第一个大主线，解释了很多伏笔，身份，猜测，是当年柯南连载的最高峰。
10.黑色冲击！组织魔爪伸来的瞬间（TV 425）48中：新组织成员水无怜奈登场。柯神和FBI联手抗击黑衣组织，赤井秀一最后华丽丽的出击锦上添花。
11.红与黑的碰撞（开端·血缘）（TV 491~492）56大：第二个大主线，红与黑的激烈碰撞，赤井秀一和柯神联手迎击组织。最后以赤井秀一死亡（假）为结局。
12.侦探团VS强盗团（TV 563~564）65：伤疤秀一出现。
13.黑与13的暗示·逼近的黑色时刻·红色的摇摆目标（TV 578~581）67中：假赤井，组织，波本，充实昂，柯神，FBI联手奉献的无声的战争。
14.侦探们的夜想曲（TV 671~674）76：冲矢昂，世良真纯，安室透，第一次同台的立体交错。
15.漆黑的特快列车（TV 701~704）78：第三个大主线，神秘列车上组织为了处决灰原哀费尽心机，波本身份曝光，某人精彩的乱入。
16.绯红色的系列84
第80卷的
File.2（总File.841） 未投递的货物◆
File.3（总File.842） 猫的宅急便◆
File.4（总File.843） 送往工藤家的快递◆
中，波本没有接到柯南的求救信号，但是却救出了被锁在货车里面柯南几人，#疑惑#。波本出场。
File.11（总File.850） 波本的目的◆
和未收录到单行本里的
File.851 茱蒂的回忆◆
File.852 赤井秀一的信息◆
中，疑似秀一的死亡有问题的讯息被发现，柯南引起了波本的兴趣，#疑惑#。波本、贝尔摩得出场。
File.853 侦探在酒吧遭遇案件◆
File.854 侦探在酒吧推理案件◆
File.855 侦探在酒吧解决案件◆
中，柯南正式引起波本的兴趣，似乎沉睡的小五郎的真面目被波本发现了？雪莉还活着的信息也似乎被得知了？#跟踪#。波本出场。
File.856 外遇调查◆
File.857 我的推理◆
File.858 感觉不太对劲的推理◆
File.859 截拳道VS空手道◆
File.860 煤油的气味◆
File.861 如魔法一般◆
中，世良的二哥怒刷存在感。似乎世良除了秀哥哥以外还有个二哥哥，而且这个二哥哥竟然认识柯南？#谜团#。世良出场。
File.865 三色猫上尉◆
File.866 猫着真心◆
File.867 淘气鬼◆
File.868 招财猫◆
中，波本的态度让人起疑。“装天真以达到目的”这样的话到底是对谁说的？#困局#。波本出场。
File.872 赤女◆
File.873 红色恶魔◆【该系列未完，也是最新的一话】
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