常见的免疫系统疾病有：
艾滋病、过敏性疾病、风湿性关节炎、过敏性哮喘、慢性疲劳、
II型糖尿病、枯草热、红斑狼疮及多发性硬化症。其中最严重的是艾滋病、红斑狼疮，比较轻的是过敏性疾病。 具体如下： 一、过敏反应
过敏反应是指已免疫的机体在再次接受相同物质的刺激时所发生的反应.反应的特点是发作迅速、反应强烈、消退较快；一般不会破坏组织细胞，也不会引起组织损伤。引起过敏反应的物质叫做过敏原，如花粉、室内尘土、鱼、虾、牛奶、蛋类、
青霉素、磺胺、奎宁等。有些人接触到过敏源时，在过敏原的刺激下，由效应B细胞产生抗体。有些抗体吸附在皮肤、呼吸道或消化道黏膜以及血液中某些细胞的表面。当相同的过敏原再次进入机体时，就会与吸附在细胞表面的相应抗体结合，使上述细胞释放出
组织胺等物质，引起毛细血管扩张、血管壁通透性增强、平滑肌收缩和腺体分泌增多等。上述反应如果发生在皮肤，则出现红肿、
荨麻疹等；如果发生在呼吸道，则出现呕吐、腹痛、腹泻等。个别病情严重的，可因支气管痉挛、窒息或过敏性休克而死亡。
二、自身免疫性疾病
自身免疫性疾病（autoimmune
diseases）是指机体对自身抗原发生免疫反应而导致自身组织损害所引起的疾病。包括
系统性红斑狼疮、风湿性心脏病、
类风湿性关节炎等。
三、免疫缺陷疾病
免疫缺陷疾病是一组免疫系统功能不完善引起的疾病，因此，感染更易发生、复发更频繁、且更为严重、持续时间更长。
免疫缺陷可能是先天性的，也可以是后天获得性的。出生时就存在的免疫疾病通常是遗传性的。虽然少见，却已发现70多种遗传性免疫缺陷疾病。某些疾病中，
白细胞数目减少；另一些疾病中，数目正常但功能异常。还有一些疾病，白细胞未受影响，但免疫系统其他组成部分异常或缺失。
后天发生的免疫缺陷(获得性免疫缺陷)通常由疾病引起。较先天性免疫缺陷更常见。某些疾病仅引起免疫系统很小的损害，而另一些可能破坏机体抵御感染的能力。众所周知，人类免疫缺陷病毒(HIV)感染后可患获得性免疫缺陷综合征(艾滋病)(见第187节)。病毒打击和破坏通常抵抗病毒和真菌感染的白细胞。许多不同情况都可损害免疫系统。实际上，几乎每种长期严重疾病都不同程度影响免疫系统。