中科大是因为当时有地所以在合肥。
中国科大自1969年12月开始迁入安徽，至1970年10月基本完成搬迁。总计组织货运装车70余次，运货量865吨，装运仪器、器材、图书、档案等35000箱；迁出家属470多户，组织职工、学生、家属客运20多批，约6000人次，用火车皮510多节，搬迁费达77万元。
1966年5月，“文化大革命”在全国范围内爆发，学校停止招生，教学、科研工作被迫停顿。1961级学生在校长达6年半之久，至1967年12月方毕业分配，走上工作岗位。研究生至1968年才派遣完毕。
1966年6月，根据中共北京市委要求，中国科学院向中国科大派驻工作组。此后，揭发会、批斗会、大字报、大辩论持续不断，掀起了全校文化大革命的高潮。至7月29日，驻校工作组才根据上级决定，撤离科大。
1969年10月26日，中共中央下发《关于高等学校下放问题的通知》，刘西尧经与安徽省革命委员会主任李德生协商，指令中国科大“战备疏散到安徽省安庆市。先遣人员90人12月初赶赴安庆，随后900人到达该市，被安置在安庆市委党校的一栋三层小楼里，拥挤不堪，食宿等基本生活无法维持。
师资队伍
学校共有教学与科研人员2154人，其中教授701人（含相当专业技术职务人员），副教授800人（含相当专业技术职务人员）。中国科学院和中国工程院院士55人，发展中国家科学院院士17人。
国家万人计划领军人才30人，青年拔尖人才13人，国家杰出青年科学基金获得者115人，优秀青年科学基金获得者108人，教育部长江学者（含青年）51人，国家级教学名师7人。
其中，两院院士等高层次人才不重复统计共有427人，占固定教师总数的33%；青年人才占高层次人才的55%。45岁以下青年教师占教师总数的70%，其中35岁以下教师约占青年教师总数35%。