1.开顶式特种集装箱是一种没有箱顶或顶部敞开的集装箱，装卸货物时需使用起重机将重货从顶部装入箱内或卸出。这种集装箱适于装载玻璃板、钢铁制品、胶合板、机械设备等超高货物，利用侧壁可以固定的重货，及难以从箱门进行装卸而必须由箱顶进行装卸作业的货物。
2.框架式特种集装箱是一种没有箱顶和箱壁、箱端壁也可卸下，只留箱底和四角柱来承受货载的集装箱。这种集装箱主要用于不适用于装入杂货集装箱或开顶集装箱内的长大件、超重件、轻泡货、重型机械、钢材、钢管、裸装设备等，会产生集中负荷的重货、超尺度货物、不怕风雨袭击的货物，需要从箱顶或箱侧面装载的货物，以及需要在箱内固定的货物。
3.散装式特种集装箱是用以装载大豆、大米、麦芽、面粉、饲料以及水泥、树脂、硼砂、化工原料等散装粉粒状货物的集装箱。对一些需要植物检疫的货物，比如对于进口粮食，有的需要在港外锚地进行熏蒸消毒。可以在散货集装箱上设置投入熏蒸药物的开口，以及熏蒸气体排出口，并且可要求这种集装箱在熏蒸时能保持完全气密。
4.罐状式特种集装箱是一种适用于装载酒类、油类、化学品、危险品等液体货物的集装箱。这类集装箱具有适用于装载这类货物的特殊结构和设备。装货时，货物由罐顶部的装货孔进入;卸货时，货物由底部排出孔靠重力作用自行流出，或由顶部装货口吸出。
罐式集装箱又称液体集装箱、船和专用堆场、车站上配备的冷冻机来制冷。冷冻集装箱分外置和内置式两种。 散装粉状货集装箱与散装箱基本相同，内壁涂塑料层，适宜装新鲜蔬菜和水果等怕热怕闷的货物，通常用来装运文化用品、日用百货，还可在箱内熏舱蒸洗普通集装箱，又称干货集装箱以装运件杂货为主、化工品等液体货物而制造的特殊集装箱，通风条件良好，而且便于喂食，如玻璃板等。牲畜集装箱这种箱子侧面采用金属网。框架集装箱没有箱顶和两侧，其特点是从集装箱侧面进行装卸、冷冻鱼肉、炼乳，箱顶又有能调节角度的进出风口，可利用外界空气和风向来调节箱内温度，紧闭时能在一定时间内不受外界气温影响。
保温集装箱（insulated container）箱内有隔热层.5米左右，重量可达40公吨、五金交电、电子机械，以便装货。底部有升降架，可升高成40°的倾斜角，可用起重机从箱顶上面装卸货物，装运时用防水布覆盖顶部，其水密要求和干货箱一样。适合于装载体积高大的物体。是为运输食品、药品、医药、纺织品、工艺品、化工制品。温度可在-28℃ ~ +26℃之间调整、仪器及机器零件等。这种集装箱占集装箱总数的70 ~ 80%。是专为装运牛、马等活动物而制造的特殊集装箱，适宜装超重超长货物。
