1958年，创办人胡水旺先生、徐千田先生筹设北医。 1960年，北医创立，当时有医学系、牙医学系及药学系三系。 1963年，成立护理助产专修科，招收五专生。 1965年，成立医事技术专修科，招收五专生。 1975年，医事技术专修科改制为医事技术学系。 1976年，设立台北医学大学附设医院。 1977年，护理助产专修科改制为护理学系。 1979年，成立保健营养学系。 1989年，成立公共卫生学系。 1989年，成立天然物医学研究所。 1990年，胡俊弘先生接任校长，成立医学研究所。 1992年，成立口腔复健医学研究所。 1993年，口腔复健医学研究所改名为牙医学研究所。天然物医学研究所改名为医学研究所。 1994年，成立细胞及分子生物研究所。领先全国各校成立「医学资讯暨电子计算机中心」。 1995年，成立保健营养学研究所硕士班。护理学研究所硕士班。 1996年，接收台北市政府委托经营市立万芳医院。 1997年，成立医务管理学系。 1998年，成立生物医学技术研究所、医学资讯研究所。 1999年，成立生药技术学系，是台湾第一个中药相关学系。由当时药学院院长杨玲玲教授所创立,但由於药师全联会的反对,迫使2007年停止招生。 2000年，改名「台北医学大学」，成立医务管理研究所、生物医学材料研究所。 2001年，成立呼吸治疗学系、口腔卫生学系。 2002年，成立药理学研究所、口腔科学研究所、保健营养研究所博士班。 2003年，通过卫生署甄选，筹建双和医院，并成立医学人文研究所。 2004年，成立神经科学研究所。 2006年，口腔科学研究所与生医材料研究所合并，改名为生医材料暨工程研究所。护理学研究所博士班成立、医事技术学系改名为医学检验暨生物技术学系。 2007年，成立牙体技术学系、老人护理暨管理学系。由原先的医学研究所基础组、细胞及分子生物研究所、医学检验暨生物技术学系硕士班、药理学研究所及神经科学研究所五所整合为医学科学研究所。 2008年，附属医院-双和医院於7月1日开始营运、邱文达教授接任校长 2009年，医务管理学系并入公共卫生暨营养学院，开始招收硕士班国际学生。 2010年，成立医学科技学院、人文暨社会科学院。 2011年，荣获QS亚洲顶尖大学前百大。连续六年获教育部补助近4亿元。 2011年，邱文达校长荣升卫生署署长，阎云教授接任北医第九任校长。 2013年，老人护理暨管理学系更名为高龄健康管理学系。 2014年，药学系分设药学组、临床药学组。 2015年，成立管理学院，并将公共卫生暨营养学院中的「医务管理学系（学士班、硕士班、硕士在职专班）」整并至管理学院。
