生药的分类方法多种多样，便于理解和应用。首先，按照药用部位，生药可分为三大类别：植物药、动物药和矿物药。植物药又细分为根类、根茎类等十个子类，这有助于理解生药的形态特征和鉴定方法，便于比较同类生药间的异同，提升传统鉴别经验。
其次，化学成分分类法根据有效成分或主成分的类别，如含苷类、生物碱类、挥发油类等，便于研究生药的药效和理化特性，探究有效成分与疗效的关系，以及同类成分生药之间的科属联系。
自然系统分类法则是基于植物（动物）在生物分类学中的位置，按门、纲等层次排列，有助于发现同科生药的共性和特性，以及寻找具有相似成分和功效的新资源。
药理作用或中医功效分类则根据生药的作用机制或中医功效，如神经系统药物、循环系统药物或解表、清热、补益药等，便于结合临床应用和活性成分研究。
历史上的分类方法，如《神农本草经》按药物毒性与用途分三品，或《本草经集注》按自然属性分六类，如《本草纲目》则按生态和性质细分为16部和60类，这些分类方法各有侧重，便于查阅，但缺乏深层次联系。
现代的《中华人民共和国药典》等著作通常采用中文名笔画顺序编排，简便易查，但在实际应用中，选择分类方法应根据具体目的和需要灵活运用。
生药学（pharmacognosy）指以生药为主要研究对象，对生药的名称、来源（基源）、生产（栽培）、采制（采集、加工、炮制）、鉴定（真伪鉴别和品质评价）、化学成分、医疗用途、组织培养、资源开发与利用和新药创制等的学问。换句话说，生药学是利用本草学、植物学、动物学、化学、药理学、医学、分子生物学等知识研究天然药物应用的学科。