神奇宝贝系列中，有一部特别的作品名为"ポケットモンスター ベストウイッシュ"，中文版译为《神奇宝贝超级愿望》。它是一部围绕少年小智与他心爱的宠物小精灵（神奇宝贝）皮卡丘展开的冒险故事。故事的舞台转移到了合众地方（陆译：合众地区），这里充满了未知的神奇宝贝世界。
小智与皮卡丘的旅程从一场神秘的邂逅开始，天空被黑云笼罩，神秘的神奇宝贝捷克罗姆带来了一系列新的挑战。火箭队和另一个神秘组织也加入了寻找新神奇宝贝的行列，他们的旅途充满了考验和新朋友的相遇。
如同《神奇宝贝超世代》和《神奇宝贝钻石与珍珠》，新系列还是从小智的全新冒险开始。不同于以往，小光和小刚两位前辈带着新的梦想告别，而艾莉丝和天桐成为了小智在合众地方的新伙伴。角色设计上，包括乔伊、君莎小姐在内的角色形象也有所变化，融入了合众图鉴中的新神奇宝贝元素，如差不多娃娃和哈约克（或其他新角色）。
一个显著的变化是，本系列没有了前两部中华丽大赛的大量剧情，剧情重心转向了角色间的冒险和成长，这与早期的《神奇宝贝无印》有着相似的处理方式。这一转变使得故事更加聚焦于小智与伙伴们的冒险历程。
《神奇宝贝超级愿望》是系列动画《神奇宝贝》的第四部。本次的故事发生在全新的冒险舞台——“合众地方”。其蓝本是第五代游戏（神奇宝贝黑白），小智与皮卡丘和新伙伴艾莉丝和天桐一起展开为了追寻梦想和冒险以及和各种各样神奇宝贝的邂逅的旅行。这一次画风也有了很大革新，CG技术的使用也让神奇宝贝的绝招更富能量感。2012年剧场版《酋雷姆VS圣剑士 凯路迪欧》于2012年7月14日在日本上映，总票房36.1亿日元。2013年剧场版确定为《神速的盖诺赛克特超梦觉醒》，将于2013年7月13日在日本上映。