该剧讲述了1948年清城一名军官被刺杀之后，引发了一系列包含亲情、爱情、友情及人性善恶较量的故事，电视剧一共36集，分集剧情如下：
1-10：
徐文正接到郑翊的报告后，决定任命俞北平为特派员，前往清城调查此案。此举一箭双雕，既能查清约翰枪杀案真相，又能甄别俞北平的真实身份。此时的俞北平已走入死局，张瀚民之死使他失去了上线联络员。
11-20：
俞北平查清了女儿徐丹妮暗恋的老师的身份，让秘书对迟又一进行恐吓，企图让他离开徐丹妮。林莎私下秘密追踪“约翰案”的关键人物张凯，并即将接近真相。俞北平急欲确定林莎的身份和来历，深夜潜入林莎公寓，却无意间发现一个令他震惊的真相：林莎是自己的女儿。
21-30：
在郑翊的胁迫下，迟又一教授沦为傀儡，他开始设法接近徐丹妮。迟又一打算带着一群被通缉的学生逃往解放区，徐丹妮决心跟随，离开令自己感到耻辱的父亲和家庭。逃亡时，迟又一将重要情报交由徐丹妮保管，闻讯赶来的美军将二人围捕。
31-36：
徐文正找俞北平到自己书房，再次强调要俞北平带着徐咏仪和徐丹妮早日离开清城，定好的行程绝不能变。言语中，徐文正已透露出死志，俞北平见此知道自己无法再说动徐文正，只能放弃。
剧集评价
不同于《潜伏》、《悬崖》等同类题材，《父亲的身份》以家庭关系为构架元素，首次将家庭成员间的情感对立、信仰冲突、性格碰撞、生离死别等基本范式植入谍战大背景之中。
《父亲的身份》故事切入角度独特，从一个高级情工人员的家庭生活入手，以谍战的悬疑推理为经、以父亲和三个子女间的情感纠葛为纬，折射出了共产党地下工作者情感丰富而信念坚定的内心世界。
相比以往同类作品，该剧在剧情设置上曲折惊险，背景开阔，推理缜密，塑造了特征鲜明的正派和反派人物群像，反应了国民党政府即将崩溃前的人心浮动和最后疯狂。
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