铁路中心医院的历史可以追溯到1897年，当时名为万国缔盟博爱恤学会医院，致力于提供医疗服务。这个医院随着时代的变迁，经历了多次名称和组织结构的调整。
1916年，医院更名为同仁会济南医院，继续为当地民众服务。随着津浦铁路的建设，1921年，医院成为津浦铁路济南铁路医院，开始与铁路系统紧密相连，为铁路员工和沿线居民提供了专业医疗保障。
随着抗日战争的爆发，医院在1940年成为华北交通株式会社济南铁路医院，为战争时期的医疗需求做出了贡献。1945年，医院归属交通部津浦区管理，更名为济南铁路医院，继续承担着铁路员工的医疗重任。
1948年，随着华东铁路管理局的成立，医院更名为华东铁路管理局济南医院，体现了其在铁路体系中的重要地位。1951年，随着济南铁路管理局的设立，医院正式成为济南铁路管理局济南医院，服务范围进一步扩大。
1953年，随着铁道部济南铁路局的成立，医院升级为铁道部济南铁路局中心医院，标志着其在医疗领域的专业化和提升。21世纪，医院迎来了新的发展机遇，2004年改名为山东中医药大学第二附属医院，进一步融合了中医特色。
2006年，医院增设了第二临床学院，教育与医疗并进，强化了医疗研究能力。2007年，医院正式成为山东省中西医结合医院，展现了中西医结合的医疗理念。至今，铁路中心医院作为历史悠久的医疗机构，持续为大众健康服务。
铁道部济南铁路中心医院其悠久的历史可以追溯到始建于1897年（清光绪二十三年）由德国人创办的万国缔盟博爱恤学会医院，1904年胶济铁路建成，德国人遂指定该院专为铁路职工服务，成为后来济南市三家百年名院（铁路医院、省立医院和齐鲁医院）之一的铁路中心医院，的是山东省首批济南市第一家“三级甲等医院”、“国际爱婴医院”、“铁道部十佳医院”、“省百佳医院”、“济南市基本医疗保险、工伤生育保险定点医疗机构”，济南市A级医疗保险定点医院。