西红柿常见的根部病害主要有根结线虫病、枯萎病和青枯病，这三种病害都可以使受害植株表现出萎蔫症状。根结线虫病和枯萎病都具有传染性，虽然病原物不同，但植株受害后，维管束组织均逐渐变褐色，受害前期中午萎蔫，早晚可恢复正常，发病后期可持续萎蔫，将病茎纵向切开后放在清水中，可发现有黏液溢出的为青枯病，无黏液溢出、并且植株下部叶片变黄的则是枯萎病，而根结线虫在为害初期，地上部植株生长不良，叶片比正常植株的叶片小，长势弱，地下部根系不发达、须根少，有时线虫可在须根上形成“串珠状”的虫瘤，乳白色；有的线虫在主根和侧根交界处的皮层蛀食为害，造成该处皮层组织疏松。
一、根结线虫病。该病主要发生在西红柿的须根及侧根上，发病严重的植株生长矮小，甚至早衰枯死。防治措施：①彻底清除病根，集中处理。不论是露地还是保护地均应在西红柿收获最后一次果后，立即清理土壤中的病残体，以减少田间病原。②合理轮作。轮作换茬可显著地减少土壤中的线虫数量。如与葱、蒜类作物轮作。③高温灭杀线虫。利用夏季高温季节，亩施碳酸氢铵500公斤，然后深翻、起垄、灌水，覆白色地膜，保持40天左右，可有效杀灭各虫态的线虫。④无病土育苗或苗床消毒。育苗时用新土育苗或每平方米苗床用3公斤1.8%阿维菌素2000倍液喷洒，拌匀后装营养钵育苗。⑤定植前土壤处理。每亩用1.8%阿维菌素1000毫升，乐斯苯500毫升加水喷洒地面后立即翻土定植。也可用0.5%阿维菌素颗粒剂3-4公斤，定植时穴施。生长期间，田间病株可用1.8%阿维菌素乳油4000-6000倍根部穴浇，每株浇100-200ml。
二、枯萎蔫病。发病严重时，病叶由下向上扩展，最后仅残留顶端数片叶片外，其余均枯死。本病与西红柿青枯病症状主要区别在于植株得病后叶片枯黄，潮湿时常在茎基部生粉红色霉状物。防治方法：①与具有辛辣味的蔬菜进行轮作3-4年，如大葱、大蒜等蔬菜。②选用无病种子，或种子播种前用52℃温水浸种30分钟消毒。或用50%多菌灵按用种量的0.4%进行拌种。③无病土育苗。④加强棚室管理，结果后增加通风量，降低土温。⑤发病初期用50%菌灵1000倍液灌根，每株200毫升，每隔7-10天灌药一次，连灌2-3次。
三、青枯病。西红柿青枯病最主要的特征就是植株萎蔫，削开它的茎基部，可以清晰地看到，里面的维管束已经变成了褐色。正是由于这些维管束遭到了破坏，使养分和水分无法正常向上输送，才会使西红柿出现了萎蔫现象。西红柿青枯病如果不能及时治疗，就会在反复萎蔫几次之后，出现死棵，给菜农带来很大的损失。防治方法：①农业防治措施 与十字花科、瓜类及葱蒜等蔬菜实行3-5年轮作，也可与禾本科作物轮作。采用高畦栽培，防止大水浸灌，田间管理时尽量减少伤根，增施磷钾肥，及喷施爱多收或磷酸二氢钾等。②化学防治 播种时用0.1%硫酸铜浸种30分钟；定植时，用新植霉素或农用链霉素2000-3000倍灌穴。发现病株后可用25%络氨铜水剂500倍或53%可杀得干悬剂1000倍或72%农用链霉素4000倍灌根，每株浇药液300-500ml。③清除病原 已经发病死亡的西红柿植株，不能随意弃置在大棚里，而应该拿出棚外深埋，同时对土壤进行消毒。即在拔除病株部位撒施20%的生石灰水或生石灰粉或草木灰，或在病穴处浇灌2%福尔马林液。
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