卫生行政部门承担食品安全综合协调职责，负责食品安全风险评估、食品安全标准制定、食品安全信息公布、食品检验机构的资质认定条件和检验规范的制定，组织查处食品安全重大事故。
第一，食品安全风险评估。国务院卫生行政部门负责组织食品安全风险评估工作，成立由医学、农药、食品、营养等方面的专家组成的食品安全风险评估专家委员会进行食品安全风险评估。
第二，食品安全标准的制定。依据食品安全法及标准化法的规定，国务院卫生行政部门负责制定、公布关于食品、食品添加剂等的食品安全国家标准，还将对现行的食用农产品质量安全标准、食品卫生标准、食品质量标准和有关食品行业标准中强制执行的标准予以整合，统一公布为食品安全国家标准。
第三，食品安全信息的公布。依照食品安全法规定，需要由国务院卫生行政部门统一公布的“食品安全信息”一般情况下包括食品安全总体情况、食品安全风险评估信息和食品安全风险警示信息、重大食品安全事故及其处理信息，以及其他重要的食品安全信息和其他需要统一公布的信息。此外，还要协调好各食品安全监督管理部门的日常监督管理信息公布工作。
第四，食品检验机构的资质认定条件和检验规程的制定。除法律另有规定外，食品检验机构应当按照国家有关认证认可的规定取得资质认定后，方可从事食品检验活动。食品安全法施行前经国务院有关主管部门批准设立或者经依法认定的食品检验机构，可以依照食品安全法继续从事食品检验活动。食品检验机构按照卫生行政部门制定的资质认定条件取得相应资质后，必须依照卫生行政部门制定的检验规程从事食品检验活动。
第五，组织查处食品安全重大事故。食品安全重大事故涉及人数较多的群体性食物中毒或者出现死亡病例，往往会对公众健康和社会稳定造成严重损害和恶劣影响，因此建立健全应对重大食品安全事故的救助体系和运行机制，协调各食品安全监督管理部门的食品安全事故查处工作，有效预防、积极应对、及时控制食品安全重大事故，最大限度地减少食品安全重大事故的危害，保障公众身体健康与生命安全，维护正常的社会秩序，是负责食品安全综合协调的国务院卫生行政部门的重要职责。
第六，其他需要卫生行政部门承担综合协调职责的事项，例如国务院食品安全委员会交办的食品安全综合协调事项。
地方卫生部门主要组织协调本机各部门的食品安全工作，在一些地方由于市辖区级食品药品监督部门尚未建立，卫生部门代行食品餐饮环节日常监管职能。
参考资料：食品安全法