学院下设植物育种与种子工程、植物生产学、植物保护学、生物技术、生态农业与区域发展等5个系，1个教学实验站，5个研究开发机构。学校小麦研究所、玉米研究所和水稻研究所的教学和学科建设由学院统一管理。学院现有在职教职工83人。专兼职教师131人，其中具有高级职称人员71人(正高39人，副高32人)，博士生导师22人，硕士生导师63人；45人具有博士学位，49人具有硕士学位。有中国工程院院士2人，国家杰出高级专家3人，国家有突出贡献中青年专家4人，四川省学术技术带头人16人，全国百篇优秀博士论文获得者3人；教育部创新团队1个。 学院开设农学、植物科学与技术、植物保护、中草药栽培与鉴定、生物技术、农村区域发展等6个本科专业。近年来办学规模稳步扩大，目前有在校本专科生2077人，博士研究生116人，硕士研究生321人。拥有作物学博士后流动站，作物学一级学科博士学位授权点，生物化学与分子生物学、作物栽培与耕作学、作物遗传育种等7个二级学科博士学位授权点(已有4篇博士论文被评为全国“百篇优秀博士论文”)，细胞生物学、生物化学与分子生物学、作物栽培与耕作学、作物遗传育种、植物资源保护与利用等11个硕士学位授权点。作物遗传育种为国家、农业部重点学科；西南作物基因资源与遗传改良实验室为教育部重点实验室；生物化学与分子生物学、作物栽培与耕作学为四川省重点学科；作物生物工程实验室为四川省重点实验室。
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