一、培养目标不同
1、生物技术专业：培养具备生命科学的基本理论和较系统的生物技术的基本理论、基本知识、基本技能，能在科研机构或高等学校从事科学研究或教学工作；
能在工业、医药、食品、农、林、牧、渔、环保、园林等行业的企业、事业和行政管理部门从事与生物技术有关的应用研究、技术开发、生产管理和行政管理等工作的高级专门人才
2、生物工程专业：通过掌握生物技术及其产业化的科学原理、工艺技术过程和工程设计等基础理论，基本技能，能在生物技术与工程领域从事设计生产管理和新技术研究、新产品开发的工程技术人才。
3、生物制药专业：该专业学生应掌握生物化学、生化分离分析技术、生物技术及工业药剂学等方面的基本理论知识和专业技能，受到生物制药研究和生产技术的基本训练，具有对药品的新资源、新产品、新工艺进行研究、开发和设计的初步能力。
二、主要课程不同
1、生物技术专业：无机化学、有机化学、分析化学、植物学、动物学、生物化学、微生物学、药理学、药物分析学、遗传学、分子生物学、细胞生物学、免疫学、植物组织培养、生化分离技术、基因工程、细胞工程、酶工程、发酵工程等。
2、生物工程专业：高等数学、线性代数、无机化学与化学分析、植物组织培养技术、有机化学、生物化学、化工原理、生化工程、微生物学、细胞生物学、遗传学、分子生物学、基因工程、细胞工程、蛋白质工程、微生物工程等。
3、生物制药专业：生物化学及生物化学实验、分子生物学及分子生物学实验、药理学及药理学实验、药剂学及药剂学实验、生物技术制药、生物制药工艺学、发酵工程、分离工程、生物反应器工程、药品与生物制品检验等。
扩展资料：
生物技术专业的相近专业：
生物科学、生物信息学、生物信息技术、生物科学与生物技术、动植物检疫、生物化学与分子生物学、医学信息学、植物生物技术、动物生物技术、生物工程、生物安全。
生物工程专业的开设院校：
福建农林大学，中国计量学院，陕西科技大学，武汉生物工程学院，河南科技大学，河南科技学院，天津科技大学，大连理工大学，南京工业大学，合肥工业大学，浙江工业大学，三峡大学，北京大学医学部，西北农林科技大学，东北大学，大连工业大学，北京林业大学等等。
参考资料来源：百度百科-生物技术专业
参考资料来源：百度百科-生物工程专业
参考资料来源：百度百科-生物制药专业
生物工程专业培养德智体美全面发展，适应市场经济体制和改革开放需要，掌握现代生物工程技术及其产业化科学原理、工艺过程和工程设计等基本理论，基本技能，能在保健品、制药等领域从事生产、产品技术研究开发、质量检测和企业管理的高级应用型技术人才。
生物制药专业培养具备扎实的生物技术和药学基础理论、基本知识，熟练掌握现代生物技术和制药技术的常用实验流程，初步了解生物技术制药企业生产和销售环节的流程，能够胜任现代生物技术实验室和生物技术制药企业岗位基本要求的德、智、体、美全面发展的技术应用型高级实用人才。
其实这三个专业都不怎么好...找工作时你会很迷惘..除非你能读到研究生...否则想找好工作------真的很难本回答被提问者采纳