阿拉善盟教育体育局内设机构分工明确，以促进教育体育事业的发展。以下是主要的八个部门职能概要：
1. 办公室：负责日常行政事务处理，包括会议组织、文件起草、调研、保密、文秘档案、信息管理、文印、收发等工作。同时，承担对外宣传和全盟教体系统的宣传工作。
2. 人事与师资培训科（汉语言文字应用管理科）：主要负责教师继续教育规划，人事管理，专业技术职务评聘，以及教师资格认定和师德建设等工作。还负责语言文字工作，包括制定规划、宣传政策和普通话培训测试等。
3. 发展规划与财务科：制定中长期教育体育发展规划，管理教育经费，监督预算执行，负责国有资产和专项经费管理，监测经费筹措和使用，并进行内部审计。
4. 基础教育科：负责全盟基础教育和特殊教育等工作，指导教育教学改革和学校管理，推进素质教育，组织教材审定，指导电化教育、图书配备等。
5. 民族教育科：负责全盟民族教育的协调指导，包括民族高中教育、特殊教育等规划，师资培训，教材建设和民族特色文化教育。
6. 职业教育与成人教育科：制定职业教育和成人教育发展规划，负责扫盲工作，指导职业教育改革，管理中等职业学校，组织招生录取，以及成人教育和民办教育的监管。
7. 教育督导室（盟行署教育督导团办公室）：执行教育督导工作，对相关部门进行素质教育督导，进行教育质量监测，处理教育热点问题，以及负责教育法制建设工作。
8. 体育科（学校体育卫生艺术管理科）：负责体育工作的法规执行，研究体育发展规划，监督体育锻炼标准，管理体育市场，指导学校体育卫生艺术教育和青少年体育竞赛。