兴山县移民局的内设机构包括多个部门，它们分工明确，各司其职。以下是各个部门的主要职责：
1. 办公室：负责机关的日常行政工作，如文秘、信息、宣传、档案、保密等，同时承担综合性文件起草、会议组织以及移民政策研究。还包括党务群团、纪检监察、机构编制、人力资源等管理工作，以及教育培训和人大议案、政协提案的承办，以及移民来信来访的协助处理。
2. 计划财务股：负责移民专项资金的管理，包括资金计划编制、会计核算、审核拨付和审计工作。同时，监督乡镇和单位移民资金的使用，指导和检查相关管理工作。
3. 移民安置股：主要负责移民安置资金的决算和遗留问题处理，以及后续安稳致富规划的编制。还包括生态屏障区转移人口安置、大中型水库移民后扶等工作。
4. 城镇工交股：负责城镇后续工作规划和实施的指导，以及专项设施后续建设项目的规划和资金管理工作，包括生态工业园的规划和补助资金的使用。
5. 监察审计股：承担移民局的行政监察工作，监督移民政策法规的执行，移民资金的财务检查和内部审计，以及统计工作。
6. 规划监理股：负责移民规划管理和工程监理，确保产业发展规划和移民后续规划的编制与审批，同时负责工程的质量、安全和投资管理。
7. 信访股：处理移民来信来访，协调移民突发事件，指导全县移民信访工作，参与重要案件调查处理，维护社会稳定。
8. 水库管理股：负责兴山库区的综合管理，参与生态环境建设和保护工作，以及库区的协调管理工作。