在北京注册的公司可以申请北京的汽车牌照。要申请，需要满足以下条件：
1. 具有有效的营业执照(或工商登记证)、组织机构代码证书和税务登记证书；
2. 上一年度在本市缴纳入库的增值税和营业税总额5万元(含)以上；
3. 新注册的公司在注册当年累计在本市缴纳入库增值税、营业税总额5万元(含)。
那么，具体如何申请呢？
1. 登陆北京市机动车摇号官方网站(注册企业用户)；
2. 填写公司基本信息、公司组织机构信息、公司纳税信息、上一年度纳税额；
3. 等待审核，审核通过后就能进行摇号了。
同时，如果想要收购公司指标，需要注意以下事项：
1. 查询车指标是否真实存在于公司名下；
2. 查询行驶证并通过车辆违规系统确认车辆是否存在违规记录；
3. 带公章和营业执照副本(已经三证合一)或组织机构代码(未三证合一)去交管局查询公司名下车辆底挡，排除潜在风险；
4. 一般车指标更新出来后的有效期是6个月，需要及时进行过户及相关信息变更。
以上就是申请北京公司车牌的具体流程和注意事项。希望能对您有所帮助。