1、损坏屋顶结构：光伏发电设备本身很重，有可能会对屋顶结构造成影响，如果是年代久远的老房子可能会损坏屋顶。
2、破坏楼顶防水层：安装光伏发电系统的支架需在屋顶上钻孔，钻孔后会破坏房屋原本的防水层，如果没有重新做防水层的话，下雨就会漏水，由于螺丝与孔间有间隙，防水的工艺要求很高，若太厚会影响安装，太薄又没有效果。第二次防水的效果相比第一次防水会大打折扣，会增加漏水出现的可能。
3、光污染问题：若附近有比较高的楼房，光伏发电设备很有可能会反射一部分的光线到达附近楼房的室内，给居民生活带来不便，如果面积很大的话，甚至还会出现光污染问题。
4、安全问题：若遇到强风，光伏板有可能会被吹倒。特别是电池板安装不牢固或螺丝生锈老化，电池板可能会被风吹掉，后期维修成本也较高。
光伏发电有辐射吗光伏发电有辐射，但极小，一般不会对人体有害。光伏组件本身在发电时并不产生任何电磁辐射，但是光伏电站是通过太阳能电池方阵将太阳能辐射能转换为电能的发电站，光伏发电的原理是光电效应，实际上就是通过转化电磁波（光子）进行发电，而电磁波就是一种辐射。所以光伏发电会有辐射。针对光伏电站本身国内外没有文献证明辐射及污染的问题，表明光伏发电的辐射极小，一般不会对人体有害。
有辐射不代表有危害，以常见的太阳光为例，它就属于“热辐射”的一种，如果没有地球磁场的保护，人们根本无法凭借自身的结构抵挡住太阳光的辐射，但经过磁场的弱化之后，虽然太阳光仍然存在辐射，除了极个别紫外线过敏的人群之外，根本不会对人体造成危害。
光伏发电有哪些好处1、环保：光伏发电不会释放有害气体，不会污染空气，是一种真正绿色环保的能源。
2、可再生：太阳能资源取之不尽用之不竭，是一种真正可再生的清洁能源。
3、节省电费：光伏发电系统可以将太阳能转化为电能，从而降低对传统电网电力的依赖，减少电费支出。
4、多样化能源来源：光伏发电可以作为家庭或企业的重要能源来源之一，提供可靠的补充能源，降低对传统能源的依赖，提高能源安全性。
5、操作维护简单：光伏发电无机械传动部件，操作、维护简单，运行稳定可靠。
6、可持续性：根据目前太阳产生的核能速率估算，氢的贮量足够维持上百亿年，太阳能可以成为永久性的能源。