水利工程项目档案验收实行严格的管理制度。在进行验收申请时，项目需要满足以下几个关键条件：
首先，项目的所有工程，包括主体、辅助和公用设施，必须按照设计文件的既定要求完成建设，并达到设计能力，且具备稳定的运行条件。
其次，项目法人需与参建单位完成所有相关文件材料的收集、整理和归档工作，并已进行有效的移交。这些文件材料是验收的重要依据。
接着，监理单位需对施工单位提交的工程档案进行全面审核，确认其整理质量和内在质量达到验收标准，并提供详细的专项审核报告，作为验收的重要参考。
项目法人还需确保对项目档案实行集中统一管理，完成自检工作，且自检分数达到《评分标准》中的合格以上标准。这是档案验收申请的前提。
当项目法人确认以上条件具备后，应在计划竣工验收的前三个月，根据验收主持单位的级别，按照水利部归口管理、流域机构或省级水行政主管部门的申请流程，正式提交档案验收申请。申请内容应包括项目法人自检工作的详细情况，包括自检得分、结论，以及自检工作报告和监理单位的专项审核报告作为附件。
自检工作报告详述了工程概况、档案管理情况、文件收集整理、竣工图编制等，同时涵盖组织情况、问题整改、自评分数与扣分情况，以及存在的问题和对档案完整性的评价。
专项审核报告则重点阐述监理单位的组织结构、档案审核过程、发现问题与整改、档案质量评价以及当前存在的问题和最终的审核结果。这些报告是档案验收申请中的重要组成部分。
《水利工程建设项目档案验收管理办法》，列五章，二十条，自2008年10月10日起施行。这是根据水利部《水利工程建设项目档案管理规定》（水办〔2005〕480号）和国家档案局、国家发改委联合印发的《重大建设项目档案验收办法》（档发〔2006〕2号），为进一步加强对水利工程建设项目档案验收工作的监督、指导，规范档案验收工作行为，统一档案验收标准，确保档案验收质量，特制定的。