mssql是商业数据库，价格昂贵。只支持windows系统，无法跨平台。一般的大型应用，我感觉好像mssql要多一些。而且数据库的操作比如备份、恢复等，mssql要远远比mysql成熟和易于掌握。另外mssql对存储过程有很好的支持，灵活运用存储过程可以极大的提升数据库的执行效率。但是mysql直到5.0+才开始支持简单的存储过程，貌似也没多少人用...
mysql是免费开源数据库，可以同时运行在windows和linux,unix等系统上。可以跨平台。mysql很多大的门户都在用，但是国内php+mysql的站点还不是非常普及，用户应该没有mssql多。
详细支持：
1 MySQL支持enum,和set类型，SQL Server不支持
2 MySQL不支持nchar,nvarchar,ntext类型
3 MySQL的递增语句是AUTO_INCREMENT，而MS SQL是identity(1,1)
4 MS SQL默认到处表创建语句的默认值表示是((0)),而在MySQL里面是不允许带两括号的
5 MySQL需要为表指定存储类型
6 MS SQL识别符是[],[type]表示他区别于关键字，但是MySQL却是 `，也就是按键1左边的那个符号
7 MS SQL支持getdate()方法获取当前时间日期，但是MySQL里面可以分日期类型和时间类型，获取当前日期是cur_date()，当前完整时间是 now()函数
8 MS SQL不支持replace into 语句，但是在最新的sql20008里面，也支持merge语法
9 MySQL支持insert into table1 set t1 = ‘’, t2 = ‘’ ,但是MS SQL不支持这样写
10 MySQL支持insert into tabl1 values (1,1), (1,1), (1,1), (1,1), (1,1), (1,1), (1,1)
11 MS SQL不支持limit语句，是非常遗憾的，只能用top 取代limt 0,N，row_number() over()函数取代limit N,M
12 MySQL在创建表时要为每个表指定一个存储引擎类型，而MS SQL只支持一种存储引擎
13 MySQL不支持默认值为当前时间的datetime类型（MS SQL很容易做到），在MySQL里面是用timestamp类型
14 MS SQL里面检查是否有这个表再删除，需要这样：
if exists (select * from dbo.sysobjects where id = object_id(N'uc_newpm') and OBJECTPROPERTY(id,N'IsUserTable')=1)但是在MySQL里面只需要 DROP TABLE IF EXISTS cdb_forums;
15 MySQL支持无符号型的整数，那么比不支持无符号型的MS SQL就能多出一倍的最大数存储
16 MySQL不支持在MS SQL里面使用非常方便的varchar(max)类型，这个类型在MS SQL里面既可做一般数据存储，也可以做blob数据存储
17 MySQL创建非聚集索引只需要在创建表的时候指定为key就行，比如：KEY displayorder (fid,displayorder) 在MS SQL里面必须要：
create unique nonclustered indexindex_uc_protectedmembers_username_appid on dbo.uc_protectedmembers(username asc,appid asc)
18 MySQL text字段类型不允许有默认值
19MySQL的一个表的总共字段长度不超过65XXX。
20一个很表面的区别就是MySQL的安装特别简单，而且文件大小才110M（非安装版），相比微软这个庞然大物，安装进度来说简直就是.....
21MySQL的管理工具有几个比较好的，MySQL_front,和官方那个套件，不过都没有SSMS的使用方便，这是MySQL很大的一个缺点。
22MySQL的存储过程只是出现在最新的版本中，稳定性和性能可能不如MS SQL。
23 同样的负载压力，MySQL要消耗更少的CPU和内存，MS SQL的确是很耗资源。
24php连接MySQL和MS SQL的方式都差不多，只需要将函数的MySQL替换成MS SQL即可。
25MySQL支持date,time,year类型，MS SQL到2008才支持date和time。
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