安徽工程大学是经国务院学位委员会批准的硕士学位授权单位，有2个一级学科和21个二级学科硕士学位授权点，且拥有控制工程和轻工技术与工程2个领域的工程硕士点。
机械与汽车工程学院：拥有材料学、材料加工工程、材料物理化学、机械制造及其自动化二级学科硕士点4个。
电气工程学院：2个硕士学位授权点（检测技术与自动化装置和控制理论与控制工程），1个工程硕士专业学位授权点（控制工程领域）；
生物与化学工程学院：发酵工程、微生物学、应用化学、环境工程、农产品加工与储藏工程等5个硕士学位授权点；
计算机与信息学院：2000年批准建立信息与计算科学专业，2002年批准建立信息管理与信息系统专业，2006年批准建立计算机应用技术硕士点。
人文学院：马克思主义理论、思想政治教育、产业经济学三个硕士点（招研究生40余名）。
艺术学院：2005年获批设计艺术学硕士学位授权点
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