1）Taqman法：准确性高，适合于大样本、少位点，价格比较贵；
质谱法：准确性高，适合于大样本、多位点（能检测25个位点）；
芯片法：准确性较低，适合于超多位点分析；
测序法：非常准备，但是价格也非常的高，但是对于少样本、超多位点还是非常好的选择。
2）
Taqman方法：针对SNP位点变异设计特异性的探针，探针标记成本较高；采用荧光淬灭及双末端标记技术，有淬灭难以彻底、本底较高的缺陷；采用酶外切活性，定量时受酶性能的影响。
DHPLC技术和质谱分析：分别需要用到高效液相色谱仪与质谱仪，设备昂贵，难以在临床诊测中推广。
单链构象多态性分析(SSCP)：则很难满足大规模开展工作的需要。
等位基因特异的寡聚核苷酸杂交(ASO)：目前已很少使用。
DNA芯片：由于高通量等优点在SNP检测中得到大量应用，但其依靠野生型与突变型基因杂交动力学的差异对突变位点进行检测，由于不同位点之间的杂交动力学差异不同，在进行多位点同时检测时条件难以控制、可重复性差，易出现假阳性假阴性结果。
微测序：作为一种基于阵列的突变分析，目前还面临着如何降低假阴性率和靶核苷酸序列组成的变异等关键问题。
高温连接酶法：高温连接酶检测反应(ligase detection reaction，LDR)是近几年逐渐引起人们注意的一种新型基因多态性检测方法，该技术操作简单、稳定，结果可靠。俗称小测序。
限制性酶切方法(RFLP)：准确性较好,费用也较低. 但只能对一部分含有现成酶切位点的多态位点进行分型。
SNaPshot法：基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，通常用于10-30个SNP位点分析。
DNA测序法：相对准确,价格较贵。DNA链的二级结构容易造成人工假相，使测序结果出现偏差。
高分辨率熔解曲线法（HRM）：是近几年兴起的SNP研究工具该方法，无需设计探针，成本低，但结果准确度较低。
低通量：测序，taqman，DASH, RFLP,
PYROSEQUENING
中等：SEQUENOM MALDI-TOF，BECKMAN SNP stream，LDR（ligase detection reaction），ABI SNPlex
高通量： AFFYMETRIX, ILLUMINA，PSQ(pyrosequencing)
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考