根据中元古代—新元古代岩石地层、生物地层等特征发育极其相似，而这一时期正处于吕梁构造阶段后期及整个晋宁运动阶段，中国地层典中，中元古代及新元古代的地层区划也基本一致。本文以新元古代地层区划为基础，共划分为8个地层区(图3-2)。
中元古代—新元古代地层与太古宙—古元古代地层不同，大多地层为浅变质至未变质，在碳酸盐岩相中富含叠层石和微古植物以及宏观藻类化石等。中元古代磁性地层研究，划分了2个磁性带，分别为长城期(R+n)、蓟县期(M)；此外，还有一个新元古期(N+r)，但由于古地磁样点密度不够，古地磁极性变化还不能做出结论。各种同位素测年方法(K Ar法、Rb Sr法、U Pb法、Pb Pb法和单颗粒锆石U Pb法等)所获取的大量年龄资料，为我国中元古代—新元古代地层单元的划分及全球相关地层对比提供了极为珍贵的依据。根据全国地层委员会1990年的决议，对中国中元古界下限采用了1800ma，比《国际地层表》(IUGS，1989)中元古界下限早200ma。
中元古界 划分为2个系，下部为长城系，上部为蓟县系，以天津市蓟县层型剖面的长城系和蓟县系为代表。
新元古界 以岩石地层单位为基础，综合地质事件、 生物事件和同位素地质年代学资料，可以划分为青白口系、南华系和震旦系。前者与国际地层划分方案中拉伸系(纪)基本相当；中者相当于国际地层划分方案中的成冰系(纪)；后者则相当于目前国际地层划分方案中已新建的伊迪卡拉系(纪)。
Ⅰ 阿尔泰—兴安地层区
本区位于我国最北部，呈东西向带状展布。西起新疆阿尔泰、准噶尔，向东经甘肃、内蒙古两省(区)北部和大、小兴安岭，达乌苏里江一带的中俄边界线。区内多数地区为沙漠、草原或森林覆盖，地层出露不好。仅在吉林南部出露归属古元古代—中元古代的老岭群，为一套中浅变质的以大理岩、片岩、石英岩和千枚岩为主的岩石组合，局部混合岩化，与下伏集安群(Pt1)呈不整合接触。本区无可靠的青白口系和南华系—震旦系。可能属于新元古代的地层，在本区西端阿尔泰山区的哈巴河一带称哈拉斯群；在东端黑龙江晨明一带为晨明群。刘效良等曾报道，在黑龙江鸡西一带的麻山群中，发现埃迪卡拉动物群分子，如果此化石无误，则麻山群的柳毛组也有可能归属震旦系。
Ⅱ 天山—北山地层区
本区西起中国与哈萨克斯坦国境线，东达阿拉善右旗以东，北邻阿尔泰—兴安地层区西段南缘，南与塔里木地层区及祁连地层区北界相接，包括新疆境内天山及甘肃境内北山等地。中元古界在北天山西段赛里木湖、中天山西段特克斯及东段星星峡、北山和阿拉善地区广为分布。中天山西段特克斯地区可作代表，长城系特克斯群，为一套浅变质海相碎屑岩 碳酸盐岩建造，含叠层石Cruneriaf.，kussiellaf.，与下伏那拉提群(Pt1)接触关系不清；蓟县系科克苏群，以浅海相碳酸盐岩为主，富含叠层石，局部形成叠层石礁，与下伏特克斯群为假整合接触。区内中元古界多属活动型—过渡型沉积。区内青白口系主要由碳酸盐岩及泥质碳酸盐岩组成，与下伏蓟县系呈整合或假整合接触。南华系—震旦系以含冰碛层为特征，主要由冰碛砾岩、粉砂岩、粉砂质泥岩组成，岩石基本不变质，与下伏青白口系常呈不整合接触，与上覆下寒武统为整合或不整合接触。
Ⅲ 塔里木地层区
本区西起国境线，东至甘肃安西、三危山，北与天山—北山地层区为邻，南至昆仑山北麓，包括塔里木盆地及其周边的中、低山区。塔里木盆地西北缘(阿克苏—柯坪)、北缘(库鲁克塔格)、西南缘(铁克里克)、东缘(阿尔金山北缘)等均广泛出露中元古界。其中，以库鲁克塔格地区发育最为完整，长城系杨吉布拉克群主体为中浅变质的海相碎屑岩，并有少量变火山岩，与下伏兴地塔格群(Pt1)呈不整合接触。蓟县系爱尔基干群为富含硅、镁质的浅海相碳酸盐岩建造，岩性主要为白云岩、白云质大理岩，夹少量石英岩，叠层石发育，与下伏杨吉布拉克群整合接触。区内中元古界属过渡型—稳定型沉积。区内青白口系普遍有不同程度变质。一般由下部的变质碎屑岩和上部的大理岩夹千枚岩、片岩组成，大理岩中含叠层石。南华系—震旦系具有明显的盖层性质，地层不变质或仅轻微变质，含叠层石及丰富的微古植物，以含1～3层冰碛层为其特点。其下与青白口系为不整合接触。
Ⅳ 祁连地层区
本区位于天山—北山地层区东段南侧，西与塔里木地层区东缘相接，东至宁夏海原、隆德一线以西，南达祁连山南坡。祁连山及柴达木盆地等均有中元古界分布，其总体特征属活动型 过渡型沉积，以青海省湟中地区出露的长城系湟中群为代表，为一套由石英岩、石英砂岩、粉砂岩、板岩和千枚岩组成的浅变质岩系，与下伏湟源群(Pt1)不整合接触；蓟县系花石山群以白云质碳酸盐岩为主，富含叠层石和微古植物，与下伏湟中群为整合接触。甘肃裕固出露长城系朱龙关群，与下伏北大河群(Pt1)接触关系不清。中祁连西段出露的蓟县系托拉南山群与下伏朱龙关群不整合接触。区内青白口系和南华系—震旦系均轻度变质，二者常呈不整合接触，局部地区为假整合接触。
Ⅴ 中朝地层区
本区在中国境内部分，西起宝鸡、海源、阿拉善左旗一线，东达国境线，北与阿尔泰兴安地层区东段南缘为邻，南至秦岭—大别山一线，包括华北地台的广大地区(华北地区、胶辽徐淮地区及北秦岭—大别山地区)。区内青白口系发育，震旦系主要分布于地台东缘、西缘及南缘。
华北地区 中元古界长城系和蓟县系广泛分布于燕辽和晋豫陕地区。 晋豫陕地区长城系熊耳群为一套中性夹酸性火山岩组合，其下与古元古界或太古宇太华群(Ar)不整合接触；蓟县系汝阳群为一套轻微变质或未经变质的碎屑岩组合，与下伏熊耳群不整合接触；卢氏、栾川地区蓟县系官道口群与下伏熊耳群呈不整合接触；该区是青白口系典型剖面所在地，青白口系在本区分布广泛，发育齐全，富产以微古植物和宏观藻类为代表的生物化石，岩石基本不变质，多由下部的碎屑岩和上部的含泥质碳酸盐岩组成；南华系、震旦系在该区的绝大部分地区缺失，仅在其南缘和西缘局部存在，而且发育不全，以上部含冰碛层为特征。
胶辽—徐淮地区 仅在安徽滁州出露中元古界张八岭群(由下而上分为北将军组和西冷组)，下部为千枚岩—片岩系；上部则为细碧岩—石英角斑岩系。西冷组锆石U—Th—Pb年龄1026ma，细碧岩全岩Pb法年龄1031ma，故推定该群归属中元古代，与下伏肥东群(Pt1)接触关系不明，属活动型—过渡型沉积。区内青白口系和南华系、震旦系属地台盖层性质，由碎屑岩及碳酸盐岩组成。大部分地区岩石基本不变质，但在鲁东及辽南旅顺、大连一带轻度变质。青白口系以碎屑岩为主，上部夹碳酸盐岩，富含微古植物及宏观藻类，并有遗迹化石出现；南华系—震旦系在该区厚度较大，以富含叠层石的碳酸盐岩为主，微古植物丰富，含有以蠕形动物和类水母化石为主要特征的动物群。青白口系和南华系—震旦系常为连续沉积，震旦系与下寒武统之间则普遍有沉积间断现象，一般为假整合接触。关于张八岭群也有人主张划在华南地层区为宜。
北秦岭—大别山地区 前寒武纪地层普遍变质，地质构造复杂。 青白口系和南华系—震旦系究竟包括哪些岩组，目前尚存在较大争议。有可能属于上述时限范畴的岩组，在本区西段为栾川群、陶湾组、三岔口组、鱼库组；在东段为佛子岭群或其中一部分。
Ⅵ 昆仑地层区
本区位于新疆叶城以南及柴达木盆地北缘一线以南，包括新疆境内的西昆仑山、青海境内的东昆仑山和柴达木盆地北缘一带的山区(全吉山、欧龙布鲁克山)。区内中元古代地层在新疆喀拉喀什河上游及青海都兰县境内有少量出露。新元古代地层在区内大部分地区无可靠的青白口系和南华系—震旦系。但在柴达木盆地北缘全吉山、欧龙布鲁克山一带，南华系—震旦系发育较好，出露完整，并含叠层石和微古植物。青白口系出露于柴达木盆地南缘祁漫塔格、布尔汗布达山一带，主要由砂岩、板岩组成，夹碳酸盐岩，岩石轻度变质。
Ⅶ 西藏—滇西地层区
本区北与昆仑山为邻，东达滇西元江—川西白玉—青海玉树一线，西南以中国国境线为界，包括云南西部和几乎全部的西藏自治区。中元古界聂拉木群构成喜马拉雅地区最古老的结晶基底，为含基性火山喷发的类复理石沉积建造，且中深变质，该群同位素年龄为1250ma(U—Pb)、(1800±100)Ma(Sm—Nd)等，未见底，上与肉切村组等年轻地层均呈断层接触。区内可能属于青白口系和南华系—震旦系的地层均已发生中、深程度的变质，缺乏古生物化石证据，同位素年龄资料稀少，确定时代的依据不足，这些地层有澜沧群、苍山群、珠穆朗玛群或其中一部分。
Ⅷ 华南地层区
本区由北部巴颜喀拉山、秦岭和大别山一线以南，直抵我国东南国境线，西与西藏滇西地层区相接。内分巴颜喀拉—南秦岭—大别、扬子、江南和东南4个地层分区。
巴颜喀拉—南秦岭—大别地层分区 地跨巴颜喀拉山、 川西、 大巴山、 武当山、 神农架、桐柏山和大别山等地区。中元古界广泛分布，其中以大别山区的红安群为代表，由中深变质的片岩、片麻岩、变粒岩及少量含磷、锰的片岩等组成，其原岩为基性—酸性火山岩、碎屑岩、碳酸盐岩建造，属活动型—过渡型沉积；新元古界青白口系主要为变质火山岩；南华系以变质海相火山岩及火山碎屑岩为主，与上覆震旦系呈不整合接触；震旦系已轻度变质，一般其下部为浅海相碳酸盐岩及碎屑岩，局部地区常含磷块岩，上部则以碳酸盐岩为主。本区震旦系岩性特征与扬子地层分区颇为相似，但南华系有明显区别，以无冰川堆积和火山岩发育为基本特征。
扬子地层分区 该分区基本上为扬子地台范围。 分区内中元古界广布于云南东部、 四川喜德、会理、西昌等地区，分别称昆阳群、登相营群、会理群和盐边群。分区内青白口系在许多地区缺失，只在部分地区或为碎屑岩，或为含火山物质的碎屑岩，或为火山熔岩。南华系—震旦系为盖层性质，普遍不整合于前震旦系不同时代的地层或岩体之上，岩石一般不变质。南华系普遍含冰碛层1～2层，主要由砂岩、粉砂岩组成，底部常为砾岩，有些地区含火山碎屑岩，个别地区有火山熔岩。震旦系以碳酸盐岩为主，常含磷质，在部分地区可形成磷块岩矿，富含生物化石，在许多地区与上覆寒武系为连续沉积，为震旦系层型剖面所在地区。
江南地层分区 本分区位于长江以南。 分区内中元古界广布于桂北、 黔东南、 赣北、皖南和浙西等地，分别称四堡群(冷家溪群)、梵净山群、双桥(娇)山群、上溪群和双溪坞群。其中以四堡群为代表，主要由变质砂泥质岩夹火山碎屑岩、细碧岩、角斑岩组成，未见底，该群广泛出露于湘黔桂交汇处，其原岩为一套以海相碎屑岩为主，夹火山喷发岩的组合，属活动型—过渡型沉积。分区内青白口系较发育，主要为一套浅变质的砂泥质岩组成，下部夹泥质碳酸盐岩，局部常夹砾岩，上部富火山物质，局部地区有火山熔岩。南华系与扬子地层分区有相似之处，为碎屑岩及冰川堆积，其上部常夹两层冰碛层，其间的沉积层中常含具有开采价值的锰矿层。震旦系下部以页岩为主，夹粉砂岩及白云岩，局部夹有含锰层及磷矿层；上部主要为硅质层，偶夹页岩及薄层白云岩，与扬子分区的震旦系有明显区别。
东南地层分区 本分区位于江南分区以南，包括云南东南部、 广西南部、 广东大部、湘东、赣中、赣南、浙江东部和南部，以及福建省、台湾省和海南省。中元古界陈蔡群、龙泉群和抱板群广泛出露于浙江和海南。以陈蔡群为代表，为一套变质中基性、酸性火山沉积岩建造，未见底，属活动型—过渡型沉积。青白口系及南华系—震旦系均普遍遭受变质作用，明显区别于其他地区，由一套浅变质地层组成，厚度巨大，可达万米左右，岩性以变质的砂、泥质岩石为主。震旦系下部未见冰碛层，上部常夹硅质层，局部含磷块岩；顶部常以硅质层与上覆寒武系分界。