抗病毒治疗主要是抑制肝炎病毒的复制，达到逐渐清除的目的。
目前抗病毒治疗比较有效的药物包括以下几种。
（1）阿糖腺苷：为人工合成的广谱抗病毒药物。治疗乙肝可使HBeAg 转阴率达40% 左右。用法是阿糖腺苷10 ～ 15mg/d/kg 加入5%或10% 葡萄糖液100 ～ 200ml 静脉滴注，每日一次，3 周为一疗程，副作用有消化道症状、粒细胞减少。
（2）干扰素及其诱导剂：目前临床上主要用的是人干扰素和基因工程制干扰素，作用机制是抑制病毒核糖核酸和蛋白质的合成，阻止病毒复制，调节宿主免疫系统功能，刺激组织溶抗原I 型蛋白合成及其细胞膜的表面。治疗慢性乙肝及丙肝，其用法是300 ～ 500万单位，隔日1 次肌内注射，HBeAg 转阴后减为每周3 次，疗程3 ～ 6个月。HBeAg 转阴率40% ～ 50%，HBsAg 转阴率10%。慢性丙肝用同样方法和疗程使血清丙肝病毒核糖核酸水平下降。
干扰素诱导剂：聚肌胞，每日0.5 ～ 1mg；双嘧达莫50ml，每日1 ～ 3 次口服，3 个月为一个疗程。两药诱导产生干扰素而起抗病毒作用。
（3）阿昔洛韦：是一种合成的无环嘌呤核苷类化合物，具有抑制多种去氧核糖核酸病毒的增殖作用，特别在抗疱疹病毒时效力比阿糖腺苷高160 倍，且毒性小，但对乙肝病毒抑制机制尚不清楚。其用法是15mg/kg（体重），每日加入10% 葡萄糖500ml 内，疗程2 ～ 4 周。
干扰素和阿昔洛韦联合应用，疗效更好。乙肝和丙肝经用干扰素及其他抗病毒药物治疗后病情都有好转，对防止急性肝炎转为慢性肝炎，对慢性肝炎的纤维化有一定的阻断作用。
（4）干扰素与激素联合治疗慢性乙肝：当单用干扰素治疗效果不佳时可以采取类固醇脱离疗法，激发乙肝病毒复制后再用干扰素治疗，对乙肝病毒增殖活跃的慢性肝病患者效果较差，用干扰素为佳。
用法是泼尼松40mg/ 日口服，用4 周停药，2 ～ 4 周后再用干扰素。
阿糖腺苷也可和激素联合应用，能取得同样效果。
（5）重组人白细胞介素-2（IL-2）：肌内注射隔日一次，每次5 万单位，连用8 周后，改为隔两日一次，连用4 周。或基因工程干扰素和白细胞介素-2 联合应用。
（6）猪苓多糖与乙肝疫苗联用：据临床观察病例统计结果，表面抗原转阴率15%，e 抗原转阴率40% 左右。