过氧化氢溶液为强氧化剂，具有消毒、防腐、除臭及清洁作用，用于清洗创面、溃疡、脓窦、耳内脓液;涂搽治疗面部褐斑(肝斑);在换药时用以去痂皮和粘附在伤口上的敷料(可减轻疼痛);稀释至1%浓度用于扁桃体炎、口腔炎、白喉等的含漱。过氧化氢溶液适用于化脓性外耳道炎和中耳炎、文森口腔炎、齿龈脓漏、扁桃体炎及清洁伤口。而且当过氧化氢溶液与皮肤、口腔和黏膜的伤口、脓液或污物相遇时，立即分解生成氧。这种尚未结合成氧分子的氧原子，具有很强的氧化能力，与细菌接触时，能破坏细菌菌体，杀死细菌。
此外，2%~3%的过氧化氢溶液经常会作为冲洗药物而应用于口腔医学。例如口腔内科的根管治疗术，在扩大根管时，双氧水经常与生理盐水(0.9%氯化钠溶液)一起交替使用。同时，过氧化氢溶液也是冠周冲洗的必备药物之一。由于口腔内，绝大部分的感染是来自于厌氧菌，因此，过氧化氢溶液由于它的产氧作用，在口腔临床医学上的运用是十分广泛的。
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