截止2014年2月，学校设有14个学院（中医学院、基础医学院、药学院、护理学院、医学工程技术学院、公共卫生学院、语言文化学院、口腔医学院、维吾尔医学院、临床医学院、研究生学院、继续教育学院、国际教育学院、高等职业技术学院、厚博学院），2个教学部（人文社会科学部、体育教学部）。还有6所附属医疗机构及新疆自治区人民医院、兰州军区乌鲁木齐总医院和乌鲁木齐市友谊医院等9所医疗机构为学校临床教学医院。学校共开设23个本科专业，22个专科专业。
此外，在全疆拥有37所非隶属关系的地、县级医疗、卫生实习基地（经教育厅、卫生厅认可）。 教学部 教学院系 校本部 新疆医科大学中医学院 新疆医科大学基础医学院 新疆医科大学公共卫生学院 新疆医科大学药学院 新疆医科大学临床医学院 新疆医科大学研究生学院 新疆医科大学医学工程技术学院 新疆医科大学继续教育学院 新疆医科大学国际教育学院 新疆医科大学语言文化学院 新疆医科大学口腔医学院 新疆医科大学维吾尔医学院 新疆医科大学人文社会科学部 新疆医科大学公共体育教研部 鲤鱼山校区 新疆医科大学厚博学院 新疆医科大学高等职业技术学院 附属医院 新疆医科大学第一临床医学院（新疆医科大学第一附属医院）三甲医院
新疆医科大学第二临床医学院（新疆医科大学第二附属医院）三甲医院
新疆医科大学第三临床医学院（新疆医科大学附属肿瘤医院暨自治区肿瘤研究所）三甲医院
新疆医科大学第四临床医学院（新疆医科大学附属中医医院暨自治区中医药研究所）三甲医院
新疆医科大学第五临床医学院（新疆医科大学第五附属医院）三甲医院
新疆医科大学第六临床医学院（新疆医科大学第六附属医院） 专业设置 类别专业文学英语工学生物医学工程医学临床医学、麻醉学、医学影像学、口腔医学、预防医学、中医学、针灸推拿学、维医学、哈医学、中西医临床医学、药学、中药学、护理学管理学信息管理与信息系统、公共事业管理医药卫生针灸推拿（专科）、护理（专科） 截止2014年2月，学校有教职工15205人，校本部教职工1653人。专任教师924名，临床教师1250人。全校教授212人，副教授645人，7人入选国家“新世纪百千万人才工程国家级人选”，5人获新世纪优秀人才支持计划，55位专家国务院特殊津贴，5人获卫生部有突出贡献中青年专家，1名获国家级教学名师奖，2人获国家何梁何利基金奖，31人获得自治区突出贡献优秀专家称号，12名自治区级教学名师，2009年、2010年连续获得2项国家科学技术进步奖二等奖。
国家级教学名师（1人）：张建龙 截止2014年2月，学校有6个国家级特色专业，1个国家级实验教学示范中心，7个自治区级实验教学示范中心，5个自治区级教学团队，1个国家级人才培养模式创新实验区，1门国家级精品课程，19门自治区级精品课程，1门国家精品视频公开课，1门国家级双语教学示范课程，2门自治区级思政重点课程。
国家级特色专业（6个）：预防医学、药学、临床医学、维医学、中医学、针灸推拿学
国家级实验教学示范中心（1个）：基础医学实验教学示范中心
自治区级实验教学示范中心（7个）：基础医学实验教学示范中心、第一临床医学院临床技能培训考核实验教学示范中心、公共卫生学院实验教学示范中心、中医药学实验教学示范中心、药学实验教学示范中心、护理学实验教学中心、口腔医学实验教学示范中心
国家级精品课程（1门）：外科学（温浩）
国家精品视频公开课（1门）：带您走进麻醉世界（1～6讲）
国家级双语教学示范课程（1门）：妇产科学
自治区级教学团队（5个）：人体机能学教学团队（张建龙）、免疫学教学团队（丁剑冰）、妇产科学教学团队（丁岩）、外科学教学团队（王云海）、诊断学教学团队 截止2014年2月，学校有8个国家中医药管理局重点学科，11个自治区级重点学科；有2个博士后科研工作站、3个博士后科研流动站；有2个一级学科博士学位授权点，25个二级学科博士学位授权点，1个专业博士学位授权点；有10个一级学科硕士学位授权点，63个二级学科硕士学位授权点；学校是全国第三批、新疆第一家博士授权单位（1986年），是新疆唯一临床医学专业学位博士研究生（MD）培养单位，是临床医学、口腔医学、公共卫生学、药学、中药学等专业学位硕士研究生培养单位。 重点学科 国家中医药管理局重点学科（8个）：中维西医结合临床、中医骨伤科学、中医各家学说、中医皮肤病学、中医老年病学、临床中药学、中医络病学（培育）、中医文化学（培育）
自治区级重点学科（11个）：内科学、外科学、妇产科学、影像医学与核医学、麻醉学、病原生物学、中西医结合临床、生药学、药理学、肿瘤学、中医方剂学（培育） 硕博士学位授予 博士后科研工作站（2个）：新疆维吾尔自治区中医院博士后科研工作站、新疆维吾尔自治区肿瘤医院博士后科研工作站
博士后科研流动站（3个）：临床医学、公共卫生和预防医学、药学
一级学科博士学位（2个）：公共卫生与预防医学学、药学
硕士学位授权点
一级学科（10个）二级学科（63个）基础医学人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、法医学、放射医学、航空、航天与航海医学临床医学内科学(含：心血管病、血液病、呼吸系病、消化系病、内分泌与代谢病、肾病、风湿病、传染病)、儿科学、老年医学、神经病学、精神病与精神卫生学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、临床检验诊断学、护理学、外科学(含：普外、骨外、泌尿外、胸心外、神外、整形、烧伤、野战外)、妇产科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、康复医学与理疗学 、运动医学、麻醉学、急诊医学口腔医学口腔基础医学、口腔临床医学公共卫生与预防医学（含6个二级学科）流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、儿少卫生与妇幼保健学、卫生毒理学、军事预防医学中医学中医基础理论、中医临床基础、中医医史文献、方剂学、中医诊断学、中医内科学、中医外科学、中医骨伤科学、中医妇科学、中医儿科学、中医五官科学、针灸推拿学、民族医学中西医结合中西医结合基础、中西医结合临床药学药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学中药学 护理学 公共管理行政管理、社会医学与卫生事业管理、教育经济与管理、社会保障、土地资源管理 思想政治教育\生理学、遗传学、生物化学与分子生物学
硕士、博士专业学位授权点 专业学位授权点 （博士点1个，硕士点5个）临床医学博士专业学位(M.D.)公共卫生硕士专业学位（MPH）口腔医学专业硕士学位（S．M．M）临床医学（西医、中医、中西医结合）硕士专业学位（M.M.）中药学硕士专业学位（MCMM）药学硕士专业学位（M.Pharm） 截止2014年2月，学校有1个科技部省部共建国家重点实验室培训基地 ，1个教育部省部共建重点实验室；5个自治区级重点实验室；自治区级研究所（中心）15个，新疆维吾尔自治区“2011协同创新中心”1个。有19个自治区级研究所（中心）。
科技部省部共建国家重点实验室培育基地（1个）：新疆维吾尔自治区重大疾病医学国家重点实验室培训基地
教育部省部共建重点实验室（1个）：新疆维吾尔族高发疾病研究重点实验室
自治区级重点实验室（5个）：地方病分子生物学实验室、新疆包虫病基础研究实验室、新疆心血管病研究实验室、新疆名医名方与特色方剂学实验室、新疆医学动物模型研究实验室
教育厅重点实验室（5个）：呼吸生理病理实验室、病原生物学实验室、新疆特色药材标准化重点实验室，新疆特色资源、环境与健康实验室，疆代谢性疾病重点实验室
新疆维吾尔自治区“2011协同创新中心”（1个）：新疆重大疾病防治与转化协同创新中心 2009-2013年期间，学校分别获国家自然科学基金项目44项、65项、66项、77项、88项；省部级科研项目2009-2013年期间分别获省部项目64项、113项、147项、159项、189项。各类科研经费额由1998年的26.8万元增加到2013年的10300.6万元。
学校的六所附属医院中有五所为国家三级甲等医院，能开展肝移植、试管婴儿、冠脉搭桥、骨髓移植、PTCA、三腔（心室再同步化CRT）及ICD起搏器植入技术 、房颤射频消融治疗 、成功植入全国第一例三腔双室ICD(INSYNC SENTRY) 、采用全国首例经心外膜左室电极植入三腔CRT-D 、首款可用于核磁共振系统的心脏起搏器 等多项先进医疗技术。学校是获得2亿元资助的全国16个国家级中医临床研究基地建设单位之一，是教育部认定全国外语授课培养医学留学生的25所大学之一。
2013年，学校共获得教育部高等学校科学研究优秀成果奖1项，自治区科技进步奖16项，中华医学科技奖1项，新疆医学科技奖18项，新疆药学奖3项。2013年，学校获得各类奖项39项。中维西医结合研究创新团队获得全国高等学校科技进步二等奖；心血管研究创新团队获得中华医学科技奖三等奖1项；获得自治区科技进步奖16项，其中一等奖2项、二等奖12项、三等奖2项。全年发表核心期刊1228篇，SCI论文180篇。申请专利22项，其中实用新型4项。授权专利3项。 校徽 校徽于1998年设计使用，分别于2006 年及2008年进行部分修改后确定为公开使用的学校标志。外部双环形代表团结一致，环形中分别以维吾尔语、汉语及英语标明学校名称，内部环形图案主要寓意为“天山脚下的新疆医科大学”和“勇攀高峰”，天山形状为字母 “X M U”三个字母变形重叠组成即新疆医科大学英文缩写，下部建筑图案为具有典型苏式建筑风格的老行政楼图片缩影及学校创立时间，标志着新疆医科大学50 余年的悠久办学历史。现有校徽体现了学校标志性建筑、中英维文校名、建校时间（1956 年）等要素，设计应蕴含着新医大的特色，具有明确的识别性并给人以简洁、明快、肃穆之感。 校训 厚德博学 笃志力行
厚德：厚，宽厚；德，品德，道德。厚德，即厚于德，谓厚植德徽。《易·坤卦》：“地势坤，君子以厚德载物。”厚德是我国传统文化和思想意识的根基，是中华民族崇尚宽广胸怀、高尚道德的精神体现。取“厚德”为校训之首，意在突出德育为先的理念，期望师生员工以德立身，注重操守，用以倡导尚礼崇德的育人精神。 博学：博，广博；学，学问，学识。博学，即博于学，谓博采学问，知识渊博。《论语·子张》：博学而笃志，切问而近思。 博学是我国传统教育所尊崇的勤学好问、广取博采的学习风范。以 博学 为校训之词，意在强调以学为主的教育思想，要求师生学宜广、识宜博，博古通今，文理兼修，掌握广博知识，积淀深厚学问，用以倡导宏达广识的求知精神。 笃志：笃，坚固，笃实；志，志向，意志。笃志，即笃于志，谓敦笃心。出处同博学。笃志是我国传统教育所提倡的树立志向、矢志不移的修心原则。以“笃志”与“博学”并为校训之词，则不只强调广博学问，更强调学习应专注，须坚持，宜恒久，要求师生立定志向，勤学不怠，坚持不懈，用以倡导坚定专注的奋发精神。
力行：力，奋力，勉力；行，践行，实行。力行，即力于行，谓勉力躬。《礼记·中庸》：“好学近乎知，力行近乎仁，知耻近乎勇。”力行是我国传统教育中所提倡的学以致用、亲身实践的修身准则。将“力行”用于校训，意在强化理论学习与实践锻炼并重的教育观念，要求师生不但要重视学习知识，提高认知水，更要注重理论与实践紧密结合，用以倡导躬亲从事的实践精神。 校歌 校歌为2006 年创作，由校党委书记李斌作词，著名艺术家夏米力谱曲。歌词时代感强、内涵丰富，全面彰显了新疆医科大学精神。乐曲旋律优美流畅，具有较高的艺术水平。现有校歌进一步传承了学校优良的历史传统，充分展示了学校深厚的文化底蕴和人文精神，增强了广大师生的凝聚力和归属感，激发起大家的责任感和使命感，为构建高品味的大学文化奠定了基础。 校旗 校旗是学校的象征，是学校精神风貌、办学理念和人文精神的具体体现之一，是学校历史和文化的浓缩和提炼，也是学校对外交往、举办重大活动、隆重庆典时必不可少的关键元素。现用校旗为2013年设计使用，是长宽比3:2的三横两色旗帜，顶部和底部均采用蓝色，中央部分为白色，并配有校徽及中英维三种文字的校名。蓝色：取自自然界天空和大海的颜色，象征着要如天空般广阔沉静，大海般包容并蓄。白色：取自医务人员工作服装主色调，象征着纯洁善良、品德高尚。三横两色寓意新医大人在医学、教学、科研方面永远遵循着救死扶伤、言传身教、求实创新的基本原则。 学校已形成了非常有凝聚力的校园文化核心，“大学生六项人人参与综合素质提升工程”、每年的“大学生科技文化艺术节”、“社团文化艺术节”、“大学生德育节”等贯穿学生整个大学生活；思想政治工作已拓展进宿舍、网络和社团，既扩大了教育阵地，又避免了以往思想政治工作单纯说教的弊端，寓教于乐，寓理于情，学生在潜移默化中受到了教育，深受广大学生的欢迎。近两年来，学校仅举办各类文化体育活动就有200余场次。目前全校的学生社团总数已达30多个，内容涉及科技、文艺、摄影、书法、英语、体育等方面。
学校先后荣获全国医学教育系统卫生文化建设先进单位、思想政治工作先进单位、全国“高校校园文化建设优秀成果”三等奖、自治区文明单位等荣誉称号和奖项。
新疆医科大学办学规模：
（1）学校设有14个学院(中医学院、基础医学院、药学院、护理学院、医学工程技术学院、公共卫生学院、语言文化学院、口腔医学院、维吾尔医学院、临床医学院、研究生学院、继续教育学院、国际教育学院、高等职业技术学院、厚博学院)，2个教学部(人文社会科学部、体育教学部)；
（2）6所附属医疗机构及新疆自治区人民医院、兰州军区乌鲁木齐总医院和乌鲁木齐市友谊医院等9所医疗机构为学校临床教学医院。学校共开设23个本科专业，22个专科专业。此外，在全疆拥有37所非隶属关系的地、县级医疗、卫生实习基地(经教育厅、卫生厅认可)；
（3）学校有6个国家级特色专业，1个国家级实验教学示范中心，7个自治区级实验教学示范中心，5个自治区级教学团队，1个国家级人才培养模式创新实验区，1门国家级精品课程，19门自治区级精品课程，1门国家精品视频公开课，1门国家级双语教学示范课程，2门自治区级思政重点课程。
新疆医科大学，坐落于新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐市风景秀丽的鲤鱼山下，是一所具有光荣传统的省属重点大学，入选"卓越医生教育培养计划"，是国家卫生部和新疆自治区共建高校。其前身新疆医学院始建于1954年，1956年建成招生，1998年6月新疆医学院与新疆中医学院合并成立了新疆医科大学，2011年11月4日，国家卫生部与新疆自治区签署了共建该校的协议。
